如供应单位按简易办法征收增值税的，退税率为征收率。
区内企业从区外购进的水、电、气，凡用于出租、出让厂房的，不预办理退税。已办理退税的，区内企业应在出租、出让行为发生的次月，向主管出口退税的国税机关申报并缴纳已退还的税款。
4、区外企业销售给区内企业、行政管理部门并运入区内供其使用的生活消费用品、交通运输工具，或者区外企业从境外进口再运入港区内的货物，海关不予签发出口货物报关单（出口退税专用），国税机关不予办理退（免）税。
5、区内企业委托区外企业进行产品加工，一律不予退（免）税。但对区内企业检测、维修完毕运回的机器、设备、模具和办公用品等，有更换新零物、配件或者附件需要退税的，可以凭海关签发出口货物报关单证明联等其他资料向国税部门申报退（免）税。
6、区内货物进入国内销售，按货物进口的有关规定办理报关，并对报关的货物征收增值税、消费税；如区外的出口企业开展加工贸易，若进口料件是从区内企业购进的，可按现行的进料加工和来料加工税收政策执行。
7、区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税，对区内企业在区内加工、生产的货物，凡属于货物直接出口和销售给区内企业的，免征增值税、消费税。对区内企业出口到境外或国内的货物，不予办理退税。
三、区内企业适用的其他税收政策
1、区内企业按现行有关法律法规，规章应当缴纳地方规定的各种税收。
2、区内的内资企业按国家现行企业所得税法依法纳税，外商投资企业比照现行有关经济技术开发区的所得税政策规定执行。
3、对采取弄虚作假等手段骗取退（免）税的，应按《中华人民共和国税收征收管理法》等有关规定予以处罚。
从以上税收政策看出，保税港区所适用的税收政策叠加了保税区、保税物流园区和出口加工区的政策优势，为实现我国自由流通港区的综合发展与前景开拓提供了便利。
