补充养老、医疗保险的性质有着特别之处，其在财税处理方面也有特殊性。
补充养老保险、医疗保险是在基本养老保险、医疗保险基础上，政府以政策指导和政策优惠为导向，用工单位和员工共同出资，以资金积累和运作增值为主要特征，以提高出资单位员工的养老待遇为主要特点的社会保险的重要组成部分。基于补充养老保险的以上特点，因此其是否缴纳、缴纳比例都比较灵活，可由单位根据自身效益决定，根据不同的比例要求报有关部门备案或者批准即可。
制度衔接
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》中规定，企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。进而《关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
新政策与原规定《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）的不同主要有两点：一是支付的对象不同，老政策规定支付补充养老保险费和补充医疗保险费的对象是全体雇员，新政策规定的对象为投资者或者职工；二是规定支付标准的权限主体不同，老政策规定按国务院或省级人民政府规定的比例或标准，新政策规定为按国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准，将省级人民政府规定的权限废除，避免全国各地执行标准不一致，改按由国务院财政、税务主管部门统一规定的范围和标准执行。
财税[2009]27号的发布日期和执行起始日不同，要求从2008年1月1日起执行，而该文件的发文日期是6月2日，已过汇算清缴期，纳税人无法在汇算清缴时执行，只能在汇算清缴期过后再按规定重新计算2008年度税款。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金，因此，应该可以理解为不要加收滞纳金。如果纳税人因财税[2009]27号文件规定而涉及多缴税款的，纳税人可以按规定向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息；如果纳税人因财税[2009]27号文件规定而涉及补税的，税务机关可以要求纳税人补缴税款，但不得加收滞纳金。
计税基数
补充养老保险、医疗保险以职工工资总额为基数。工资、薪金总额，是指企业按照《国家税务总局关于企业工资、薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）第一条规定实际发放的工资、薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资、薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资、薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
