1、战略管理会计理论普及程度不高。在我国，战略管理会计仍处于理论研究和学术探讨阶段，没有形成统一、完整的理论体系，也未得到有效的普及，这也就为在实践中实施战略管理会计增加了难度。
2、企业经营者对战略管理会计的认识和重视不够。尽管会计体系分为财务会计和管理会计两大块，但我国大多数企业的管理层普遍缺乏战略管理意识，在会计工作中仍然是重财务会计轻管理会计。一些经营管理者为了短期利益，不重视从长远利益来分析、评价企业的各种管理策略，这种决策者的价值取向与企业或社会的长远利益、根本利益不相一致的状况，直接影响着战略管理会计作用的发挥。
3、缺乏高素质的管理会计人才。战略管理会计是企业经营战略管理与管理会计相结合的产物，其应用方法较传统管理会计有很大变化。多样的信息来源和信息种类需要多种信息分析方法，因此，其应用方法不仅是财务指标的计算，而是结合了环境分析法、对手分析法、价值链分析法、生命周期分析法、矩阵定位分析法、预警分析法、动因分析法、综合记分法等多种技术方法的灵活运用，它无疑是对传统管理会计方法的丰富，这就需要有一只高素质的会计队伍。我国现阶段会计人员的总体素质比较低，突出表现为知识层次低、知识结构不合理和受专业教育不足。虽然他们在多年的实践工作中积累了一定的专业知识和经验，但总的来说，大多数会计人员的文化水平较低、专业水平不高以及知识结构陈旧。因此，制约了战略管理会计在企业中的进一步应用。
4、管理会计信息系统本身的缺陌。当前，我国会计电算化发展虽已进入企业内部网络应用阶段，管理会计也被真正纳入会计电算化信息系统，发挥其预测、决策、规划、控制及考核等优势。战略管理会计作为战略管理的决策支持系统，更多地是面对复杂多变的外部环境和大量半结构化、非结构化的战略决策问题，它所需要的信息来源、数量、特征和加工处理都与传统管理会计有着明显的不同，需要特殊的信息加工方法来支撑，因而原有的管理会计系统本身的缺陷影响着战略管理会计实际应用的广度和深度。
5、战略管理会计应用对企业环境要求较高。企业环境影响着战略管理会计的应用状况、方法体系、运行机制、工作内容及范围等有关方面。在企业所有权形式基础上建立的企业生产经营机制是决定战略管理会计应用状况的根本因素。随着我国市场经济体制不断深入，企业正全面走向市场。但目前企业内部的管理模式还难以适应市场经济的要求，尤其是在国有企业和国家控股的股份制企业，由于所有者虚位，不能形成足够的产权归属明晰条件下的委托——监督——激励的机制。在这种情况下的委托代理关系实质上是一种行政利益关系。一方面，有可能产生对所有者利益的侵蚀——委托人和代理人共谋的败德行为，委托人有意降低考核标准，或者当企业经营效率不理想时，想尽办法为代理人开脱责任；代理人则出于“报恩”的心态，利用控制资源的权力，最大限度地为双方谋取利益，其结果降低了资源的利用效率，损害了企业的利益。很显然，这种所有者虚位的代理关系造成的后果是，委托人和经营者根本不具备足够的动力来采用战略管理会计的方法规划企业的经济资源，我国国有企业普遍存在的行政利益驱使下非理性投资就源于此。另一方面，又有可能造成委托方对代理人监督的弱化。委托方在不拥有实际的产权时，剩余收益和企业经营风险都与它的关联不大，因此，缺乏足够的动力去履行监督责任，造成经营者责任感的下降，这些状况降低了我国企业对战略管理会计的需要。
