(一)审计涉及内容广泛，审计程序和方法较为简单
资金的来源包括地方各级政府配套资金、相关部门和单位投入的自有涉农资金，造成资金被混用，各部门(单位)职责不清。主要表现在：一方面，设立审计项目的方式不够稳定，项目安排带有一定的随意性。如有的是人大根据需要，临时以检查的形式出现；有的是按照人大或政府的要求开展审计等。另一方面，部分县级审计力量不足，致使部分财政涉农资金审计间隔期限较长，在一定程度上脱离了审计监督。此外，部分涉农资金审计局限于合规性和财务账目基础审计，其经济效益审计、制度基础审计和风险基础审计涉足较少；同时，审计技术方法仍为就地手工搜集、整理、复核及分析各种信息，并未充分利用现代审计新技术。
(二)审计实施严肃认真，审计质量和效果有待提高
由于财政涉农资金审计的特殊性，审计过程中，审计人员都能严正以待；但近年来的审计结果却反映平平，究其原因是现行的审计体制，如对同级政府或相关部门存在的专项资金问题，一些审计机关很难在审计报告中予以反映和处理，财政涉农资金审计的作用及效益大大减弱。尤其是县级审计时对专项资金的使用效益、管理情况涉及较少，对资金分配是否符合客观需要，是否有利于“三农”问题的解决，以及是否有利于我国农业的发展等方面缺乏宏观的分析和研究。审计结论仍停留在是否遵循法律法规等制度，显有将审计结论提升到宏观角度进行综合分析，很少提出有针对性的建议。
(三)涉农资金使用管理中存在较大问题
目前，国家通过加大涉农资金审计来提高涉农资金的使用效率，从而产生更大收益，但从实际审计结果来看，涉农资金的使用管理并不理想，仍存在很大的问题。例如：部分专项工程未进行招标、投标；部分项目决策失误，个别项目投资损失较大；部分专项工程未经过竣工审核；专项资金未按时下拨、滞留账面；部分政府单位挤占专项资金；地方配套资金不到位，直接影响项目的预期效果；资金分散、使用效果不明显；在资金核算上存在不规范现象等，所有这些无不影响涉农资金的使用与管理。
四、涉农资金审计的强化措施
(一)细化审计环节，提高审计质量
细化审计环节具体包括涉农资金的分配、管理审计环节，涉农项目的立项、建设审计环节，资金和项目的效益审计环节等内容。监控重点专项资金引入效益审计在资金分配环节，检查各级政府确定的新农村建设重点项目是否在资金上予以落实。在资金拨付环节，要着重检查滞留闲置、挤占挪用等问题，促进资金及时足额拨付到位。在资金的使用环节，一方面要着力查处各种违法违规问题，特别是侵害农民切身利益的问题；另一方面要注意检查评价资金的使用效果，促进合理有效地利用涉农资金。在资金管理、使用环节，主要审计涉农资金的项目、预算、计划、资金、设备物资采购、内部控制制度等内容。审查其是否符合投资立项的具体规定，是否符合国家的产业政策，有无虚报项目等问题。对涉农资金内部控制制度审计，主要审查涉农资金风险预警系统的建立与运行状况以及涉农资金管理制度的健全性、合理性、有效性，确保资金使用按制度规范进行。
(二)创新审计方法，充分运用现代科技手段
其一，应协同相关部门建立完善的项目库管理制度，将当期“项目资金分配、实际投资结构、资金调拨时效”三个方面作为项目资金管理层、执行层的目标责任制考核内容。其二，应健全财政涉农资金审计与电算化、网络化及国际化审计相适应的法律法规，改善审计的法律环境：建立健全审计质量控制体系，严格执行审计执法责任制和过错追究制，从而保障财政涉农资金审计工作有章可循，降低审计风险。其三，应进一步加快实施“金审工程”，“金审工程”已进行了几年时间，计算机审计得到了一定的应用与发展，但对于涉农资金审计方面仍需改进和加强，特别需加大地方审计人员培训力度，促进地区审计内部资源数据库建设，构建一个布局合理、扩展充分的涉农专项资金审计网络平台，解决软、硬件制约因素，切实提高财政涉农资金审计效率和质量。
(三)注重涉农资金项目效益，逐步完善指标评价体系
涉农资金审计，是将检查资金使用效果、促进合理有效利用资金作为审计的最终目的，为此，在审计过程中，需要探索效益审计路子，逐步建立一套可行的涉农资金效益指标评价体系。从目前情况看，该指标评价体系应包括三个方面，即经济效益指标体系、社会效益指标体系、生态效益指标体系。只有这样审计人员才能更重点关注涉农资金的直接效益、长远效益和社会效益，才能使财政支农项目效益在经济、社会、生态等多方面体现出来。有些效益也可直接体现出来，有的则通过改善生产生活设施和生态环境间接体现出来，有的在短期内可以体现，有的则需较长时间体现出来。
(四)涉农审计问题的处理应与建立长效机制相结合
涉农资金的安排和使用涉及国计民生，对涉农资金审计中发现的问题应严肃处理，但审计处理并不是目的，健全完善各项制度，规范管理才是根本，审计机关应立足“审、帮、促”，将审计处理与建立健全长效机制结合起来，针对审计中发现的带有普遍性、倾向性、苗头性的问题，应分析原因、找准根源，及时向政府及有关部门提出建议，促进各项管理制度的健全和完善，从机制和体制上保证涉农资金正常有序地使用和管理，使国家的各项支农惠民政策能够落到实处。另外在审计实践中，应特别注意违规的物资、设备、工程等招标投标行为，使涉农审计问题的处理与涉农资金管理有机结合起来，提高涉农资金的使用效益。
