（一）公允价值计量确认困难
公允价值计量模式的挑战性在于实践中公允价值的确定及其公允性方面。与一些发达国家相比，我国目前还缺乏比较完善的公允价值评估体系或存在相关的标准作为参考。在实施公允价值审计时，审计人员如何判断被审计单位公允价值的计量是否公允，将是一个很重要的问题。审计人员要通过各种审计程序和方法来取得审计对象的公允价值，从而保证审计的质量，并且要符合成本效益的原则。当然，审计人员也可自行确定公允价值，进而判断被审计单位的公允价值计量是否公允。一般而言，可以从观察到的市场价格或通过有效的估价技术直接得到公允价值，这样比较可靠，但不符合成本效益原则，往往耗费大量的人力、物力，程序复杂，用时过久。此外，由于资产、负债项目的公允价值将会直接影响被审计单位的全面收益，从而给审计人员传达企业的全面收益信息。随着公允价值计量方法的进一步运用，利用公允价值计量方法操纵利润，将成为继会计政策和会计估计之后的另一个利润调节的重要手段。就拿非货币性交易来说，过去非货币性交易产生的收益，只能计入资本公积，而新会计准则实施后可直接计入当期收益，进入企业利润表，高价“卖家当”是上市公司包装利润最常见的手法，资产置换双方都将各自的非货币性资产高估，然后互相交易，从而使双方账面上都有利润。审计人员能否对会计确认、计量的公允价值以及会计核算方式选择的恰当性、合规性做出客观、公正的审计评价就显得尤为关键，如果审计人员缺乏对公允价值相应的判断和把握能力，将会面临寻找、确定的公允价值“不公允”的风险。
（二）审计人员的素质不适应
我国现在的市场经济还处于逐渐完善阶段，运用内在需要完善市场经济的公允价值具有相当的风险。因为目前的市场经济中，寻找、确定真正的公允价值具有相当的难度，需要审计人员对经济、技术和市场环境高度的综合判断和把握能力。此外，由于公允价值审计不仅要了解企业过去的信息，而且要了解企业现在以及未来相关的信息，因而在实施公允价值审计时，仅仅依靠传统的审计程序和方法就很难满足公允价值审计的目的和要求。随着会计信息化、网络化的进一步发展，充分利用电脑、网络等技术资源，有助于及时、准确地获取与公允价值相关的信息，显然这需要一大批精通电脑、网络技术的审计人员。同时，由于公允价值不仅仅只关注过去，而是更多地面向现在和未来。因此在公允价值审计的过程中，需要审计人员运用大量的职业判断，审计人员要更多地关注被审计单位潜在的风险，要了解被审计单位的业务流程、市场状况、管理层，甚至对被审计单位所处行业整体经营状况都要有比较清晰地了解。审计人员只有在对被审计单位的总体情况有所了解的基础上，才能更好地实施公允价值审计，这对审计人员的职业判断能力与业务素质水平也提出了更高的要求，审计人员不仅要有丰富的职业经验，还要拥有对风险管理和有效的内部控制制度方面的专业知识，甚至还要具有相关的法律、经济学等相关学科的背景，而这点也正是目前我国大部分审计人员所欠缺的，因此缺乏高素质的审计人员可能会导致公允价值审计的风险的提高。
（三）审计理论和审计方法不完善
国际上从提出公允价值审计理论到审计具体实践只有很短的时间，这期间虽然对公允价值审计的研究也取得了一些成绩，但相关的审计理论和实践并不完善，公允价值审计仍然处在基础准备阶段，更多的问题还需要被逐步地发现、提出、分析和解决。目前还没有专门的理论框架或指南为实施公允价值审计提供科学的依据，公允价值审计还未形成一套比较标准、规范的审计方法。虽然公允价值计量在我国新颁布的企业会计准则中大量使用，但新会计准则体系却没有进一步说明公允价值如何确定，新审计准则中也未提到有关公允价值的具体处理及如何审计等，这样必然加大了公允价值审计的难度。如在审计人员选择方法对公允价值确认和计量进行测试、复合和独立估计时，审计结果与账面结果可能存在误差，虽然可接受误差是审计抽样技术方面的问题，但是在公允价值审计中误差的可接受程度会直接影响到公允价值可靠性的确认，可是在什么范围内的审计误差是审计人员或是财务报告使用者所能接受或承受的，新的会计、审计准则中并未予以单独指出，更没有给出一个计算可接受误差范围的方法。这样审计人员在实施公允价值审计时可能会因为没有统一的评价标准和审计线索，而使得审计的正常实施效果大打折扣。
