为了彻底解决这个问题，7月17日，财政部、国家税务总局联合下发了《财政部、国家税务总局关于扶持动漫产业发展有关税收政策问题的通知》（以下简称通知）财税[2009]65号。由此，国家扶持动漫产业发展的相关税收政策得到了进一步明确。
增值税方面
自主开发的软件将获得增值税即征即退待遇。通知指出，2010年12月31日前，对属于增值税一般纳税人的动漫企业销售，其自主开发生产的动漫软件，按17%的税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分，实行即征即退政策。并对退税数额的计算给出了一个新的方式：应退税额=享受税收优惠的动漫软件当期已征税款-享受税收优惠的动漫软件当期不含税销售额×3%，此表述方式不同于以往，如《财政部、国家税务总局关于嵌入式软件增值税政策的通知》财税[2008]92号。
企业所得税方面
经认定的动漫企业如自主开发、生产动漫产品，可申请享受国家现行鼓励软件产业发展的所得税优惠政策。
目前，我国鼓励软件产业发展的所得税优惠政策主要有：（一）软件生产企业实行增值税即征即退政策所退还的税款，由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产，不作为企业所得税应税收入，不予征收企业所得税。（二）我国境内新办软件生产企业经认定后，自获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。（三）国家规划布局内的重点软件生产企业，如当年未享受免税优惠的，减按10%的税率征收企业所得税。（四）软件生产企业的职工培训费用，可按实际发生额在计算应纳税所得额时扣除。（五）企事业单位购进软件，凡符合固定资产或无形资产确认条件的，可以按照固定资产或无形资产进行核算，经主管税务机关核准，其折旧或摊销年限可以适当缩短，最短可为2年。（《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》财税[2008]1号）
营业税方面
对动漫企业为开发动漫产品提供的一系列劳务，在2010年12月31日前暂减按3%税率征收营业税。这些劳务包括：动漫脚本编撰、形象设计、背景设计、动画设计、分镜、动画制作、摄制、描线、上色、画面合成、配音、配乐、音效合成、剪辑、字幕制作、压缩转码。
进出口方面出口上，动漫软件的出口按规定免征增值税。在进口环节上，经国务院有关部门认定的动漫企业自主开发、生产动漫直接产品，确需进口的商品可享受免征进口关税和进口环节增值税的优惠政策。本通知从2009年1月1日起执行。
