自2007年开始，财政部先后下发了《关于实施修订后的〈企业财务通则〉有关问题的通知》（财企[2007]48号）、《关于企业新旧财务制度衔接有关问题的通知》（财企[2008]34号），对职工福利费的会计处理进行了调整，要求2007年起企业不再按照工资总额14%计提职工福利费。在企业所得税方面，按照新条例第四十条中规定，企业发生的职工福利费支出，不超过工资、薪金总额14%的部分，准予扣除。改变了之前《企业所得税暂行条例》中纳税人的职工福利费按照计税工资总额的14%计算扣除的规定，将预提扣除改为了据实扣除，与会计规定保持了一致，只是在执行的时间上有差异。
专家解释称，职工福利费由预提扣除改为据实扣除，主要是由于我国社会保障体系的逐步完善，企业正常的福利费开支与过去相比大幅下降，以前应付福利费按照职工工资总额的14%计提，许多企业的应付福利费出现了大量余额，而应付福利费的计提又有抵减企业所得税的作用，大量的应付福利费余额形成了对职工的负债，与企业生产经营没有直接关系。
除了列支方式的变化，专家还特别提示：税收上的“职工福利费余额”与会计中的“职工福利费余额”并不一致。在2008年以前，税前扣除职工福利费是“计算扣除”，并不需要以企业在会计处理中预提应付职工福利费为前提，也不需要实际使用，但对于“职工福利费余额”的使用必须是在规定的职工福利费开支范围内。新税法实施后，税前扣除的职工福利费并不一定等于当年实际发生的职工福利费，当年实际发生的职工福利费要先冲减“职工福利费余额”。上述税务处理的规定针对的仅是内资企业，不包括外商投资企业从税后利润中提取的职工福利及奖励基金余额。
那么新政策下，企业应该如何如何处理好福利费的列支问题呢？专家表示，如果会计上提取的职工福利费大于税前扣除限额，在进行企业所得税纳税申报时要作纳税调增处理，在企业所得税上理解为应当由企业的税后利润来承担这部分费用。当纳税人税前实际扣除的职工福利费小于税前可以扣除的职工福利费的情况时，如果税务机关认为纳税人申报数据不实，应当通过必要的程序，首先对申报数据不实的情况进行认定，对纳税申报表的数据进行调整，然后依照调整后的数据进行计算。如果纳税人发现税前实际扣除的职工福利费小于税前可以扣除的职工福利费的情况时，可自结算缴纳税款之日起3年内，向税务机关要求退还多缴的税款，经税务机关查实认可后，对于以前年度多缴的税款予以退还，在这种情况下才能按调整后的税前扣除职工福利费计算职工福利费余额。
最后，专家特别提醒要注意福利费的列支范围。根据《国家税务总局关于企业工资、薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）的规定，允许税前扣除的福利费包括三项：一是尚未实行分离办社会职能的企业，其内设福利部门所发生的设备、设施和人员费用，包括职工食堂、职工浴室、理发室、医务所、托儿所、疗养院等集体福利部门的设备、设施及维修保养费用和福利部门工作人员的工资薪金、社会保险费、住房公积金、劳务费等。二是为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利，包括企业向职工发放的因公外地就医费用、未实行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴、职工交通补贴等。三是按照其他规定发生的其他职工福利费，包括丧葬补助费、抚恤费、安家费、探亲假路费等。
此外，企业发生的职工福利费，应该单独设置账册，进行准确核算。没有单独设置账册准确核算的，税务机关应责令企业在规定的期限内进行改正。逾期仍未改正的，税务机关可对企业发生的职工福利费进行合理的核定。对于单独设置账册，一般包括两种方式，一是在相应的科目中设置明细科目核算，二是设置辅助账核算。
