除上述规定外，随后出台的《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）进一步解释称，《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：（一）企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；（二）企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；（三）企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；（四）企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。（五）有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
专家就此分析指出，新税法实施后，对于个人工资薪金所得判定的一个重要变化就是以是否合理为标准。而国税函[2009]3号文是税务机关判断工资薪金列支是否合理的一个重要依据。因此，企业可按照上述文件精神，准确把握“合理工资薪金”的内涵，逐一进行自我排查比对，发现问题，尽早解决，有疑问的地方应该积极与主管税务机关及时沟通，避免在重点检查阶段被查处。特别是对于一些分支机构较多，业务复杂，人员较多，构成也比较复杂的大型的集团公司，企业的财税人员应严格审查相关列支问题，重点排查企业是否超出规定范围为员工缴纳基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费和住房公积金等。
为了帮助企业更好的把握工资薪金方面的风险问题，专家为我们总结了四项企业容易忽视的与工资薪金有关的费用列支问题。
1、各种保险的列支
专家指出，准确把握允许税前扣除的社会保险费支出，可以从六个方面来理解，第一，扣除的对象包括基本社会保险费（具体包括基本医疗保险费、基本养老保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费）、补充养老保险费和住房公积金。第二，其扣除范围和标准以国务院有关主管部门或者省级人民政府的规定为依据，超出该范围和标准的部分不得在税前扣除。第三，准予在税前扣除的补充养老保险费和补充医疗保险费，限于在国务院财政、税务主管部门规定的标准和范围内，超过部分不允许扣除。这里需要注意的是，按照最近财政部、国家税务总局公布的《关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）的规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除，超过的部分，不予扣除；第四，企业按照国家有关规定为特殊工种职工支付的法定人身安全保险费，例如企业为从事高空危险作业的职工购买意外伤害保险，允许税前扣除。第五，规定之外的商业保险支出不能税前扣除。这一点需要企业特别注意，因为现在不少效益好的企业都为员工上了各类商业保险，按照《实施条例》第三十六条的规定，除企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的其他人身安全保险费和国务院、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险外，企业为投资都或者职工支付的商业保险费，不得扣除。第六，企业按规定支付的财产保险费，准予扣除。同时注意，企业参加商业保险后，发生保险事故时，根据合同约定所获得的赔款，在计算应纳税所得额时，应抵扣相应财产损失。
2、住房公积金的列支
目前，我国存在着一些效益不好的企业经常拖欠职工的住房公积金，一些效益较好的单位则有意将一些应税福利，如将各类补贴、津贴打入“住房公积金”账户，并借此进行逃避税收的情况。对此，专家提醒企业，根据财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）规定，以及《住房公积金管理条例》、《建设部、财政部、中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》（建金管[2005]5号）等文件精神，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。同时，对高收入行业及个人的缴存基数，被限制为不超过当地职工社会平均工资的3倍。在自查过程中，企业要特别注意不要超标列支。
