一、关于审计收缴违纪资金的问题如何处理
根据国务院《财政违法行为处罚处分条例》有关规定，审计机关对有关单位的财政违法行为可以采取收缴应当上缴的财政收入、追回有关财政资金的处理措施。但据笔者所知，目前审计机关只能开具两种票据，一种是罚没票据；另一种是财政部门监制的收据，罚款或没收违法所得使用罚没票据，单位之间的资金往来使用收款收据。但审计收缴违纪资金既不属于罚没性质，又不属于资金往来性质，在落实审计处理上很难操作。为落实《财政违法行为处罚处分条例》有关规定，笔者认为，财政部门应印制查处违纪资金收缴凭证，由违纪资金查处机关监督被查处单位，按照资金性质分别缴入国库或财政有关专门账户，解决审计收缴违纪资金的难题。
二、关于对非财务独立单位独立审计发生违规违纪问题如何处理处罚
审计中经常会遇到有些被审计单位，既非独立法人，又没有独立财务，如乡镇公安派出所、国税分局、地税分局、基层法庭等，这些单位都属于报账单位，发生违规违纪问题是直接对基层单位进行处理处罚，还是处理处罚负责财务管理的公安局、国税局、地税局、法院，对此有两种观点：一种认为这些基层单位都是公安局、国税局、地税局、法院的所属单位，出现问题理应由上级单位负责，应对上级单位作出审计决定，进行处理处罚，即使对基层单位做出处理处罚，因其没有独立财务，最终还是要由其财务主管单位承担；另一种观点认为虽然这些基层单位没有独立财务，但其违规违纪问题有其独立性，如乱收费、私设小金库等，且审计通知书也是对着这些基层独立单位，应对违法的具体单位作出审计决定，进行处理处罚，其上级机关应承担连带法律责任。笔者倾向第二种观点，因为第一种观点造成审计通知书的主送单位与审计决定书的主送单位明显不符。
三、对一个单位有若干所属独立核算单位进行审计如何进行处理处罚
当对一个审计项目进行审计时，有时需要对其所属独立核算单位进行审计，如预算执行审计、经济责任审计都会出现这种情况。以建设局局长任期经济责任审计为例，除了要对建设局机关本身的财务收支进行审计，还要对其所属的城建管理所、环境卫生管理所、园林管理所、自来水公司等独立核算的事业单位进行审计，对这些所属单位发生的违规违纪问题如何进行处理处罚，实践中也有两种做法：一种是一个审计项目只出具一份审计报告，一个审计决定书，审计决定书只对建设局下达，对所属独立核算单位违规违纪问题需要处理处罚的，在一个审计决定书中分别列明，分别处罚，不再对所属单位单独下达审计决定书，但处罚票据需按被处理处罚单位分别开具；另一种做法是只出具一份审计报告，但审计决定书按被处理处罚单位分别制作和下达。笔者倾向第一种做法，因为第二种做法同样造成审计通知书的主送单位与审计决定书的主送单位明显不符。
四、关于审计决定的执行时间
根据《中华人民共和国国家审计基本准则》第四十二条规定：“审计决定自送达之日起生效，一般应于九十日内执行完毕”，据此，审计机关在下达审计决定书时，最后一段一般表述为：本决定在某年某月某日前（按下达审计决定的日期向后推九十日）执行完毕。笔者认为，以上表述过于笼统，并且与《行政处罚法》关于罚款交纳期限规定不符，《行政处罚法》第四十六条第三款规定：“当事人应当自收到行政处罚决定书之日起十五日内到指定的银行交纳罚款”。据此，审计机关在下达审计决定书时，最后一段应表述为：本决定所涉罚款应自收到审计决定书之日起十五日内到某某银行（或其他金融机构）缴纳，其他决定事项应在某年某月某日前（按下达审计决定的日期向后推九十日）执行完毕。
五、关于审计报告征求意见书的文书送达回证中页数的填写
审计报告征求意见时，都要在审计报告（征求意见稿）的上面附上审计报告征求意见书，并由被审计单位在文书送达回证上签收，因为审计报告是作为审计报告征求意见书的附件，所以文书送达回证的文件名称栏填写为: 审计报告征求意见书。对此，有的审计人员认为审计报告征求意见书只有一页，审计报告只是作为审计报告征求意见书的附件，在填写文件页数时应填写一页，审计报告的页数不应包括在内。笔者认为以上做法欠妥，因为审计报告（征求意见稿）作为审计报告征求意见书的附件，是审计报告征求意见书的重要组成部分，没有了审计报告，只送达审计报告征求意见书根本没有实际意义，因此，审计报告征求意见书的文书送达回证中的文件页数应按审计报告征求意见书和其附件的页数相加计算后填写。
