按账面价值结转成本
《企业所得税法》规定，特殊（免税）分立后，由于被分立企业资产增值和损失，在税收上没有被确认，所以分立企业接受被分立企业的全部资产和负债的成本，须以被分立企业的账面净值为基础结转，不得按经评估确认的价值进行调整。同时，被分立企业的未超过法定弥补期限的亏损额，可按分离资产占全部资产的比例进行分配，由接受分离资产的分立企业继续弥补。
财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）第六条第五项规定，企业符合特殊性税务处理的分立，可以选择按以下规定处理：1.分立企业接受被分立企业资产和负债的计税基础，以被分立企业的原有计税基础来确定；2.被分立企业已分立出去资产相应的所得税事项由分立企业继承；3.被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额，可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。
例：某总公司由4个股东共同投资成立，注册资本为800万元，每个股东出资200万元，各占25％的股份。现该公司由总部A和分公司B组成。总部A账面资产为1000万元，评估价值为1200万元；B分公司账面资产为400万元，评估价值为600万元，净资产为400万元。为了进一步加快公司的发展，总公司决定将B分公司分立出去，组成新公司C，并将资产全部转换成C公司股份10000股，总公司4位股东每人取得2500股。
分析：根据财税〔2009〕59号文件规定，A企业的股东没有取得非股权支付额，符合特殊重组的条件，可以向税务部门备案按免税改组处理。B分公司评估增值的200万元不计算转让所得。分立企业C接受B分公司的全部资产，须以其的账面净值400万元确定为计税基础，不得按经评估确认的价值600万元确定。所以C企业处置资产抵税时，只能按400万元计算，实际上是将A企业资产增值没有实现的所得额放在C企业来实现。从中可以看出，特殊处理的免税分立只是递延纳税。
分离的资产不视同对股东分配
因新设企业股权分配给原股东，实际上是将原企业分离出来的资产分配给了股东，视为按分配处理。但财税〔2009〕59号文件规定，免税分立可以不视为分配，被分立企业的股东取得分立企业的股权（以下简称“新股”），如果需部分或全部放弃原持有的被分立企业的股权（以下简称“旧股”），新股的计税基础应以放弃旧股的计税基础来确定。如果不需放弃旧股，则其取得新股的计税基础可从以下两种方法中选择确定：直接将新股的计税基础确定为零，或者以被分立企业分立出去的净资产占被分立企业全部净资产的比例，先调减原持有的旧股的计税基础，再将调减的计税基础平均分配到新股上。
例：如上例，被分立企业的股东如果不放弃A企业的旧股，取得C企业的股权计税成本可以按以下两种方法确定：
1.总公司4位股东不减少在A企业股权的成本，但将10000股C企业股票的总计税成本确定为零。
2.减少部分旧股成本，增加到分立企业的新股中去。按减少资产的评估价值占原来企业总资产的比例分配：新股的计税成本＝200×600/1800＝66.7（万元），即4位股东在总公司和C公司分别占有133.3万元和66.7万元股权。
