由于政府信息系统审计还处于探索阶段，还存在相当多的问题，需要审计机关及审计人员进一步去研究、去思考，进而找出解决问题的办法。
一是审计目标不清晰。审计目标分为总体目标和具体目标。审计的总体目标主要包括被审计单位信息系统的真实、合法、效益，在对系统内控及信息系统审计时，要对被审计单位的财务收支及其经济活动的真实、合法、效益做结论。然而，在制定具体目标这一层次时，要充分考虑具体行业的审计目标，金融有金融的，企业有企业的，行政事业有行政事业的，而且可能每一次审计的重点不一样，领导要求不一样，具体目标就会有所不同。在审计实施过程中，部分审计机关及审计人员不能把握总体审计目标与具体目标的界限，笼统地进行表述，不具备操作性、指导性。
二是审计观念存在误区。合法性为唯一目标发展的倾向。大部分审计机关在实施信息系统审计审计时，十分注重查处问题，把结果最大化，好像只有查找出大案要案，才能证明我们信息化的成果，才发挥了计算机审计的作用，而忽略运用具体的审计方法。这实际上影响了我们的计算机审计工作，容易产生误导。笔者认为，信息系统审计不能说合法性审计目标不重要，它绝对重要，但真实性和效益性与它同等重要。因此，在审计过程中，不能仅仅扣住合法性，当成唯一的一个目标。
三是审前调查和审计测试界限不清。在进行信息系统审计时，大部分审计人员不能分清调查和测试的概念，进而影响审计质量。因为调查的方法和测试的方法是不一样的，调查时候要大量地运用座谈、查阅文档等方法，测试的时候就需要大量地操作数据。审前调查和审计测试界限不清，表明审计人员在信息系统流程上存在很多模糊的认识，以及“拿捏”不准的地方，不能从本质上分清调查、测试、评价的界限，势必影响信息系统审计的规范化。
四是对控制的审计有所偏重。笔者认为，信息系统控制包括两类：一是对系统的控制，二是系统对业务的控制。系统控制不严密则容易出问题，系统设置目的是为控制业务，两个都很重要，缺一不可。然而，审计机关大部分信息系统审计更加偏重系统对业务的控制，导致审计内容不完整，影响审计评价。
四、信息系统审计的发展策略
㈠建立完备的信息系统审计专业人才队伍
政府审计机关开展信息系统审计，需要一批既掌握现代审计理论知识又了解计算机技术的复合型人才，从目前的人员数量和知识结构上看，还远远达不到审计工作目标要求。因此，审计部门要适应时代发展，采取各种方式方法，加强这类人才的培养，进一步推动信息系统审计工作的开展。
㈡建立独立客观的专家审计系统
专家审计系统是一种以知识为基础、智能化的计算机软件系统，将专家的知识、经验加以总结，形成规则，存入计算机建立知识库，采用合适的控制策略，按输入的原始数据进行推理、演绎，作出判断。建立专家审计系统能够大大提高信息系统审计工作的效率，保持审计工作的客观、公正、独立。
㈢加强计算机应用系统与审计软件之间的对接
为了节省审计人员的时间和精力，提高审计工作效率，被审计单位财务软件必须进一步改善，建立标准的审计数据接口，增加数据转换的模块，使不同格式的数据能够转换成审计需要的格式，为审计软件系统所识别，设计相应的内部控制监控子系统，以便与审计软件系统配合使用，实现二者的有机结合。
㈣适时出台信息系统操作指南
目前，政府审计机关关于信息系统审计的依据主要有修订后的《中华人民共和国审计法》、《国务院办公厅关利用计算机信息系统开展审计工作有关问题的通知》（国办发【2001】88号）等文件。这些法律法规的出台，给审计部门提供了信息系统审计工作的依据。但是这些规定只赋予了审计部门开展信息系统审计的法律保证，至于具体的审计依据和操作规程则没有明确，可操作性不强。笔者认为，国家审计署和财政部应进一步加强协作，适时出台具体的信息系统审计操作指南和规程，以便更好的指导审计人员完成工作
