新企业所得税年度纳税申报表（以下简称“新申报表”）采用的是以间接法为基础的表样设计，包括利润总额的计算、应纳税所得额的计算和应纳税额的计算三部分。在编制时，以利润表为起点，将会计利润按税法规定调整为应纳税所得额，进而计算应纳所得税额。具体步骤是：
1.会计利润总额±纳税调整额＋境外应税所得弥补境内亏损－弥补以前年度亏损＝应纳税所得额；
2.应纳税所得额×税率＝应纳所得税额；
3.应纳所得税额－减免所得税额－抵免所得税额＝应纳税额；
4.应纳税额＋境外所得应纳所得税额－境外所得抵免所得税额＝实际应纳所得税额；
5.实际应纳所得税额－本年累计实际已预缴的所得税额＝本年应补（退）的所得税额。
从编制原理上看，新申报表思路更清晰，更容易被理解。纳税人在填报时，按照上述思路就不容易出错。
主表填报时应注意的问题
会计利润的填报报表的1行~13行为会计利润的计算，这部分内容和新企业会计准则利润表内容是一致的。实行新会计准则的企业，其数据直接取自利润表。而实行企业会计制度、小企业会计制度等会计制度的企业，其利润表项目与新申报表可能不一致，不一致的部分应当按照新申报表的要求，对利润表上的项目进行调整后填报。例如，营业收入＝主营业务收入＋其他业务收入。
应纳税所得额的填报
报表的14行~25行为应纳税所得额的填报，应注意以下变化：
（1）新申报表将不征税收入、免税、减计收入、免税项目所得、加计扣除和抵扣应纳税所得额等税收优惠项目直接列入纳税调减项目。原申报表则将免税所得列入纳税调整后所得弥补亏损后减除，将减免所得税额列入计算企业应纳所得税额后减除。也就是说，如果企业弥补亏损后没有所得额的话，将不再计算减除，不能扩大年度亏损额。新申报表将这些项目直接计入纳税调减项目，在纳税调整后所得之前扣除，这样无论企业是否有利润和所得，这些项目都可以在当年作为税前扣除，直接减少所得额或扩大当年度亏损。
（2）新申报表中境外所得可以弥补境内亏损。依据财政部、国家税务总局《关于发布〈境外所得计征所得税暂行办法〉（修订）的通知》（财税[1997]116号）的规定，纳税人在计算缴纳企业所得税时，其境外营业机构的盈利可以弥补境内营业机构的亏损。即当利润总额＋纳税调整增加额－纳税调整减少额为负数时，该行填报企业境外应税所得用于弥补境内亏损的部分，最大不得超过企业当年的全部境外应税所得；为正数时，如以前年度无亏损额，本行填零，如以前年度有亏损额，取应弥补以前年度亏损额的最大值，最大不得超过企业当年的全部境外应税所得。新申报表在主表计算“纳税调整后所得”之前有一栏“加：境外应税所得弥补境内亏损”。而原企业所得税相关法规规定，企业境外业务之间的盈亏可以互相弥补，但企业境内外之间的盈亏不得相互弥补。因此，原申报表上是没有这一项的。
（3）纳税调整项目注意两方面变化：一是免税投资收益仅指符合条件的股息红利所得，并不包括转让股权或出售股票的所得；二是新申报表增加了公允价值变动损益调整项目，实行新企业会计准则的企业应特别关注。
应纳税额的填报这部分主表新增了分支机构预缴所得税情况。国家税务总局《关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格的营业机构、场所（以下称分支机构）的，该居民企业为汇总纳税企业，分支机构则必须按规定在所在地预缴所得税。因此，总机构年度所得税汇算清缴时，必须将分支机构预缴税款视为已预缴税款予以减除。新申报表反映了这一预缴情况，而原申报表没有这项内容。
