企业所得税减免税备案完全有别于减免税审批，这种差异不是文字上的表述不同，而是要求在备案的过程中，不能掺杂审批的意识。如果在备案中，渗入了经税务机关逐级审核后才作出是否同意备案的结论，那就脱离了备案的本源，而是借备案之名行审批之实。在这种情况下，纳税人是可以依法采取行政救济措施的。
《税收征管法》第三十三条规定，减税、免税的申请须经法律、行政法规规定的减税、免税审查批准机关审批。而企业所得税减免税审批只在《企业所得税法》第二十九条及其实施条例第九十四条中有相关规定，即实行民族区域自治的自治区、自治州、自治县对本民族自治地方的企业应缴纳的企业所得税中属于地方分享的部分，可以决定减征或者免征。自治州、自治县决定减征或者免征的，须报省、自治区、直辖市人民政府批准。因此，享有企业所得税减免税审批权的只有省级人民政府。除省级人民政府授权外，税务机关是无权进行企业所得税减免税审批的。可以说，目前除民族区域自治地方外，企业所得税减免税都属于备案类减免税项目。
《税收减免管理办法（试行）》（国税发[2005]129号）规定，纳税人享受备案类减免税，应提请备案，经税务机关登记备案后，自登记备案之日起执行。纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。
因此，纳税人在减免税备案中要关注以下问题：一是备案资料。要准备好主管税务机关要求提供的有关资料，减免税政策的执行情况不需要报，因为减免税尚未执行，何来减免税政策的执行情况？二是备案时间。针对不同的减免税项目，不同的省级税务机关会作不同的时间要求，有的可能只要求在汇算清缴时报送。三是备案对象。由于目前没有明确的统一规定，备案对象可能是税务所、办税服务厅或相关业务科室。
主管税务机关在备案管理中，也要注意履行相应的义务，即应在受理纳税人减免税备案后7个工作日内完成登记备案工作，并告知纳税人执行。不得参照行政审批中20个工作日的时间要求。
纳税人采用欺骗手段进行减免税备案获取减免税的，税务机关应取消其减免税备案资格，停止减免税优惠，同时可以按照《税收征管法》第六十三条、六十四条等有关规定予以处理。
税务机关按照实质重于形式原则对企业的实际经营情况进行事后监督检查。检查中，发现有关专业技术或经济鉴证部门认定失误的，应及时与有关认定部门协调沟通，提请纠正，及时取消有关纳税人的优惠资格，并追缴已经享受的减免税款。有关部门非法提供证明的，导致未缴、少缴税款的，按《税收征管法实施细则》第九十三条规定予以处理。
