企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则，或者企业实施其他不具有合理商业目的安排的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，进行纳税调整。企业收到《特别纳税调查调整通知书》后，将面临3大涉税业务。
支付加收的利息
加收的利息，应当按照税款所属纳税年度12月31日实行的与补税期间同期的中国人民银行人民币贷款基准利率加5个百分点计算，并按1年365天折算日利息率。
税务机关根据税收法律、行政法规的规定，对企业作出特别纳税调整的，应当对2008年1月1日以后发生交易补征的企业所得税税款，自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款之日止的期间，按日加收利息（加收的利息不得在计算应纳税所得额时扣除）。
企业按规定提供同期资料和其他相关资料的，或者免于准备同期资料但根据税务机关要求提供其他相关资料的，可以只按基准利率计算加收利息。
企业按照规定免于准备同期资料，但经税务机关调查，其实际关联交易额达到必须准备同期资料的标准的，税务机关对补征税款加收利息，适用按贷款基准利率加5个百分点计算的规定。
另外，企业在税务机关作出特别纳税调整决定前预缴税款的，收到调整补税通知书后补缴税款时，按照应补缴税款所属年度的先后顺序确定已预缴税款的所属年度，以预缴入库日为截止日，分别计算应加收的利息额。
按期缴纳税款
企业对特别纳税调整应补征的税款，应在税务机关调整通知书规定的期限内缴纳入库。
企业有特殊困难，不能按期缴纳税款的，经省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局批准，可以延期缴纳税款，但是最长不得超过3个月。特殊困难,如因不可抗力导致纳税人发生较大损失，正常生产经营活动受到较大影响的；当期货币资金在扣除应付职工工资、社会保险费后，不足以缴纳税款的。
纳税人需要延期缴纳税款的，应当在缴纳税款期限届满前提出申请，并报送下列材料：申请延期缴纳税款报告，当期货币资金余额情况及所有银行存款账户的对账单，资产负债表，应付职工工资和社会保险费等税务机关要求提供的支出预算。
税务机关应当自收到申请延期缴纳税款报告之日起20日内作出批准或者不予批准的决定；不予批准的，从缴纳税款期限届满之日起加收滞纳金。
支付税收滞纳金
企业在被加收税收滞纳金的同时，还要支付因特别纳税调整而加收的利息，并且在计算应纳税所得额时，二者都是不允许税前扣除的。
对特别纳税调整应补征的税款，企业逾期不申请延期又不缴纳税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日（即税款缴纳期限届满次日）起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
逾期仍未缴纳的，经县以上税务局（分局）局长批准，税务机关可以采取从其存款中扣缴税款、拍卖或变卖其财产等强制执行措施。
最后需要指出的是，只有遵循独立交易原则处理关联交易，并且按期缴纳税款，企业才既不用支付税收滞纳金，也免于支付加收的利息，从而避免不应有的涉税风险。
