完善的审计内部问责机制有利于使纪律、法律形成相互衔接、互相补充的监督体系，强化对审计干部的监督管理；审计内部问责机制还有利于规范审计行为，督促有关责任人严格履行职责，增强责任心，推动干部能上能下的优选机制。对于审计机关来说，建立完善内部问责机制应该依据审计特点，当前的审计重点开展。
首先，审计机关建立规范的内部问责机制应该是全方位的问责机制。审计内部问责应在审计管理的各个方面实施问责制，以此加强审计机关的内部监管，规范审计行为，提高审计的执行力以及工作效率，提高审计形象。从横向管理来说，应该建立问责制的方面应该包括审计管理、审计执法、财务管理等各个方面。
其次，审计机关内部问责制的前提是对岗位职责的明确划分。被问责者应该是负有明确责任的主体，对出现的问题在哪个方面、多大程度上负有责任应该是明确的，因此，对每个岗位的权力、责任、义务进行明确的界定，对相邻岗位的职责进行明确的划定是实施内部问责制的基础，而现实中，在这方面的工作还存在很多不足，由于职责不够清楚、权限不够明确，权力、义务相互交叉重叠的情况比较常见，这就容易导致在出现问题，追究责任时相关责任人互相扯皮、互相推诿的情况。鉴于此，审计机关在完善内部问责制的时候，首先应该将岗位责任的细分、责权利的划分理清楚，增强有关责任人的责任心、积极性。
再次，审计机关内部问责制的实施离不开问责程序的规范化。问责制度关系到审计事业的健康稳定协调发展，因此，一是应该做到公平、公正，是制度就要有严肃性，有说服力；二是问责机制应该常态化，作为一项长效机制，避免随意性；三是应该有相应的救济渠道，避免出现不当的问责。对此，审计机关开展内部问责就应该完善并规范问责程序。正当、规范的程序是任何制度完善并得以更好贯彻所必备的要素，是问责制沿着正常的轨道规范运转、防止随意性、人为操作的保证。
1、无论哪一级审计机关，要想建立真正的内部问责制度，并有效地运转，就必须建立规章制度，这既是规范问责程序的前提，也是避免随意性，提高操作性，使有关责任人清楚自己的责任，认清不履行职责或者履行不当的后果的要求。
2、要推动责任追究的程序化。概括来说，依照问责的过程，问责程序涉及到三个方面，首先是责任的认定程序，就是说比照责任的划分，按照一定的规章，如何认定责任的归属、严重程度等；其次，如何启动问责程序，由哪个部门负责，具体如何操作，如何界定责任的大小，应该承担的不利后果有哪些等等；再次，补救程序，就是应该给当事人一个解释的、自我澄清的机会，避免被错误地追究责任或者当替罪羊。此外，完善问责程序，应该完善信息公开制度，避免暗箱操作，使制度透明
