一般性税务处理与特殊性税务处理
从税收方面分析，对于合并方来说，主要是一种支付行为，所以一般不涉及税收问题（非货币性资产支付一般需要视同销售）；对于被合并方来说，企业被合并注销后，企业资产被兼并转移，企业股东获得收入，因此，被合并企业涉及资产转移的税收问题。财税〔2009〕59号文件第四条第四项规定，企业重组，除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外，按以下规定进行税务处理：（1）合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。（2）被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。（3）被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。以上处理，即一般性税务处理。
举例：甲企业合并乙企业，乙企业被合并时账面净资产为5000万元，评估公允价值为6000万元。乙企业股东收到合并后新企业股权4000万元，其他非股权支付2000万元。此合并中，甲企业接受乙企业的净资产按公允价值6000万元作为计税基础。乙企业资产评估增值1000万元需要按规定缴纳企业所得税，税后按清算分配处理。
财税〔2009〕59号文件第五条规定，企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。（2）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。（3）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。（4）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。（5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。该文件同时规定，符合通知第五条规定条件的企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失。
举例：甲企业合并乙企业，乙企业被合并时账面净资产为5000万元，评估公允价值为6000万元。乙企业股东收到合并后企业股权5500万元，其他非股权支付500万元，则股权支付额占交易支付总额比例为92%（5500÷6000×100%），超过85%，双方可以选择特殊性税务处理，即资产增值部分1000万元不缴纳企业所得税。同时，甲乙双方的股份置换也不确认转让所得或损失。假设此比例不超过85%，则资产增值部分1000万元要缴纳企业所得税250万元，股份支付也要确认所得或损失。
在特殊性税务处理中，非股权支付额要纳税
财税〔2009〕59号文件第六条第六项规定，重组交易各方按规定对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）。按上例，乙企业股东取得新合并企业股权5500万元，取得非股权500万元。假如乙企业股东原投入乙企业的股权投资成本为4000万元，则增值2000万元（5500+500-4000）。股东取得的非股权收入500万元对应的转让所得为：500÷6000×2000=166.7（万元）。股东取得新股的计税成本不是5500万元，而是3666.7万元（4000-500+166.7）。这就是财税〔2009〕59号文件第六条第四项规定的“被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定”。
特殊合并的企业，由于被合并企业资产增值和损失税收上没有确认，所以，接收资产时也是按原企业资产账面价值作为计税基础。财税〔2009〕59号文件第六条第四项规定，企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理：（1）合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。（2）被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。如上例，甲企业合并乙企业，尽管乙企业净资产的公允价值为6000万元，但其账面价值为5000万元，合并后的企业只能以5000万元作为接受资产的计税基础。
