BOT项目包括成立专门的项目公司经营和非专门项目公司经营两种经营方式。对于非专门项目公司经营的会计核算主要涉及：(1)初始计量。BOT项目在建设期主要有两种建设方式：自行施工和外包施工。自行施工可归入“在建工程”核算，建成后达到预定可使用状态时，从“在建工程”转入“无形资产”；外包施工可按建造合同处理，竣工验收达到预定可使用状态时，从“在建工程”转入“无形资产”。要注意的是，须考虑合同规定的移交范围来确定应计入无形资产的成本。属于移交范围的设施及其不可分割、或分割后无独立价值的附属物均应计入无形资产成本；不属于移交范围，能与移交设施分离，且分离后具有独立价值的设施可计入长期待摊费用核算。(2)后续计量。非专门项目公司的经营方式中BOT项目可以是“主营业务”也可以是“其他业务”，相应的收入和支出应相应计人“主营业务收入”、“主营业务成本”或“其他业务收入”、“其他业务成本”中核算。此外，BOT项目在运营期可能会增减一些设备，主要包括两类：一类是不属于BOT项目设备或其附属设备，而属于与营运有关的设备，即不属于移交范围设施；另乙类是属于BOT项目设备或其附属设备，即属于移交范围设施。第一类设备的增减应视同公司自有资产的增减，按各自的资产属性：遵循“存货”、“固定资产”核算。第二类设备的增减，主要有以下两种情况：BOT设施中有些设备的使用寿命短于特许经营期，如果这些设备报废造成了无形资产账面价值的减少，可以通过“无形资产减值”进行核算。而对原有设备更新、维修，或增加设备以维持该项目经营的支出涉及到该项资产的价值，最终要无偿移交，并且经营公司吏关注的是投资的收回，所以这些支出只能在剩余的特许经营期内摊销。因此，这些支出可以看作是“为维持特许经营权而发生的必要支出”，如果发生的金额不大可以直接费用化，如果发生数额较大，可考虑列入“长期待摊费用”，在剩余的特许经营期内合理分摊。(3)摊销，BOT项目摊销时应考虑实际情况和投入资金的收回。摊销年限应以特许权经营期为限，一般不应长于特许经营期。由于“无形资产”的摊销不需要考虑净残值，所以特许经营期满将BOT项目无偿移交时，不存在残值与无偿移交的冲突。(4)BOT项目的移交。由于在特许经营期已经将列入“无形资产”的移交设施进行分期摊销且残值为零，因而只要进行实务移交即可，不需作会计处理。
对于专门项目公司经营的会计核算，主要涉及：(1)初始计量。此处较“非专门项目公司经营”多一项投资成立专门的项目公司时的会计处理；投资者的会计处理借记“长期股权投资”，贷记投入的资产科目。项目公司的会计处理借记接受的资产科目，贷记“实收资本”(或“股本”)。建设期的会计处理同“非专门项目公司经营”建设期会计处理。(2)后续计量。在专门的项目公司中BOT项目是“主营业务”，相应的收入和支出计入“主营业务收入”、“主营业务成本”。其余后续计量同“非专门项目公司经营”。(3)摊销及BOT项目的移交同“非专门顷目公司经营”。
值得一提的是，BOT项目特许经营期满时，项目公司向政府移交的并不是项目公司的全部资产，仅仅是特许经营合同所约定的项目设施，其已在特许经营期摊销完毕，其账面净值为零。初始投入的资本已经由特许经营期的现金流收回，投资收益已由特许经营期每年的利润(或亏损)反映，因此项目设施的移交并不影响项目公司的总资产和净资产。
