高新技术企业认定申请工作概括起来大致分为四部分：明晰规定，熟悉程序，完善材料，网上操作。其中明晰规定是指申请企业应当认真研读《认定办法》、《工作指引》，结合自身情况认真加以对照，作出是否符合要求或努力方向的准确判断。熟悉程序是指申请企业对高新技术企业的认定与享受税收优惠的程序要清楚明了，不走弯路。完善材料是指申请企业在认为自己符合认定要求后，要对申请材料进行认真准备，力求完美。网上操作是指高新技术企业的认定工作已有改变，不再是层级上报材料，而是直接在网上申请和提交材料。
高新技术企业认定程序有五个环节，包括自我评价、注册登记、准备并提交材料、组织审查与认定、公示及颁发证书。申请企业要完成的是前三项，其中材料准备是最重要的一项工作。《工作指引》二（3）列举了需要提交的材料种类，包括认定申请书，两个鉴证报告（近三个会计年度研究开发费用鉴证报告、近三个会计年度的财务报表鉴证报告含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表）（实际年限不足三年的按实际经营年限），一个审计报告（近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告），以及技术创新活动证明材料。
根据《工作指引》规定，企业申请高新技术企业的认定申请书由《企业基本信息表》、《企业研究开发项目表》、《上年度高新技术产品（服务）情况表》、《近三年内获得自主知识产权汇总表》、《企业年度研究开发费用结构明细表》五种表格组成，在填表时要注意所有的财务数据都来自专项审计报告，要和鉴证报告、审计报告完全一致。其中《企业基本信息表》中“近三年内获得的自主知识产权数”一栏所填内容，应与技术创新活动证明材料一一对应并完全吻合；“人力资源情况”栏要注意两个比例要求，即大专以上学历的科技人员要占（申请）当年职工总数30%以上，研发人员占职工人数10%以上；其他一些文字描述的内容多以数据阐述，少用华丽词句，注意言简意赅。
在申请认定高新技术企业工作中，研究开发费用的归集与核算是一项基础而重要的工作，它不仅关系到申请认定能否通过，还涉及计算企业所得税时技术开发费的加计扣除，对企业的利益有很大的影响。提醒企业注意以下几个方面：
提示一：企业可考虑在“管理费用”明细账下设“研发费用”明细账，按各“研发项目”归集核算“内部研究开发投入”和“委托外部研究开发投入”。这样发生的全部研发费用就在一本账上反映，把在准备申请认定材料时要做的工作，当成日常事务给做了。既可以便于申请认定时注册会计师的审计核对，也有利于计算应纳税所得额时技术开发费的加计扣除，主管税务机关审核起来也方便。在填写《企业年度研究开发费用结构明细表》时，只需抄录注册会计师的审计报告即可。
提示二：企业应当设有专门的科研人员名册，一方面便于申请认定时对科研人员比例要求的核对；另一方面，便于在费用归集时的相互对应。企业应当和科研人员订有劳动合同，缴纳社会保险，强调的是科技人员在企业工作时间每年不少于半年（183天）。在支付科研人员人工费时，可以考虑集中制表且与劳动合同相一致。
提示三：企业在研发工作开展后发生的设备折旧和无形资产摊销可直接计算，企业可根据批准的研发项目立项报告，把“固定资产”和“无形资产”的管理部门调整为研发机构，以便正确计算折旧和摊销额。
提示四：设计（规划）费用、装备调试费要有合法证据，这些费用往往是发生在企业内部中，没有多少外来原始凭证，事后很难收集和核实，比如调试设备的次数和每次消耗电费、相关技术工人的人工。所以，企业应按内部核算的要求，做好原始记录和凭证，及时履行审批程序，逐月结算入账。
提示五：委托外部研究开发费用要注意项目成果及与企业主要业务紧密相关是衡量外部研发费用能否计入的重要因素。在签订委托合同时，应当特别注明。另外，发生的全部委托外部研发费用在申请认定时只能按80%计算，但在计算加计扣除时则没有这样的限制。
虽然《认定办法》明确高新技术企业的认定不经过主管税务机关，但企业仍应当注意与主管税务机关做好沟通，及时了解和掌握当地有关认定工作的具体规定。企业在取得高新技术企业资格后应把证书及时告知主管税务机关，而不要到申报企业所得税时才拿出来。如果减免税条件发生变化，应在15日内报告；如果不符合条件，就主动纳税，以免被追缴，承担滞纳金并留下不良记录。
