纳税筹划的风险就是公司纳税筹划目标不能实现的可能性。由于国家政策法规的多变、税务部门的认定、公司的财务人员的素质高低以及内外部环境的变化等各种原因致使纳税筹划方案的实现充满着变数。纳税筹划的风险主要表现在以下几个方面：
一、国家政策法规引起的纳税筹划风险
这方面的风险包括纳税筹划人对国家政策法规理解不透造成的风险、国家政策法规变化带来的风险和政策法规不完善带来的风险。纳税筹划人对国家政策法规研究不深、把握不准导致纳税筹划依据与实际法律规定南辕北辙，将会致使纳税筹划失败。如某珠宝公司将购进的珠宝玉石经过简单加工或镶嵌后零售出去，2000年10月份该公司发生从商业企业购进价值100万元的珠宝玉石。当月月初库存的外购珠宝玉石价值25万元，月末库存外购珠宝玉石价值为45万元。该公司当月销售珠宝玉石120万元，货款已全部收讫。当月末该公司财务人员计算出应纳消费税税款是4万元[20×10%-(100+25-45)×10%]，但税务机关审核后确认为该公司当月应缴纳消费税12万元。因为根据税法规定，允许扣除已纳消费税的应税消费品仅限于从工业企业购进。公司在运用税法条款时不了解这一政策，致使比预期多纳税8万元。国家政策法规变化带来的风险是由于公司按照原来法律法规设计的纳税筹划方案因为新法律政策的变更而作废，或者因为时效性没有及时调整而不被税务部门认可。政策法规不完善带来的风险是指对税法企图包括但由于这样或那样的理由而未能包括的范围、内容和实施细则不细等漏洞空白加以利用所带来的风险，如纳税人定义上的可变通性、课税对象金额上的可调整性、税制上的差别性、起征点的存在、税率在不同地区的差异性、税收负担沉重、税收制度的模糊性规定等可能诱发纳税筹划，而这种纳税筹划不被税务部门认同，从而引起纳税筹划效果的不确定性。
二、分公司自身原因引起的纳税筹划风险
分公司自身原因引起的纳税筹划风险主要包括：第一，由于公司财务人员在财务会计、金融、法规等各方面掌握知识和技能不扎实、不全面、不精通，致使税务部门认可的大部分避税、节税和税负转嫁等纳税筹划方法不能运用，不能拿出稳妥可靠的纳税筹划方案，不能为公司最大利益服务。第二，只顾纳税筹化，不顾财务风险。如因顾及负债利息可以在税前扣除享受减税的好处而忘记负债过多会招致到期不能支付本息、引起多种诉讼甚或破产清算。第三，忽略纳税筹划只是公司一种理财手段，并不是唯一目标。如果有更大公司目标，并且与纳税筹划相冲突，完全可以牺牲纳税筹划方案。如某公司可采用加速折旧方法计提折旧，但是公司想在二级市场配股融资，如果继续采用加速折旧方法计提折旧；利润是1亿元，达不到配股要求的净资产收益率三年平均10%、每年在696以上的条件。如果采用直线折旧方法，利润则为2亿元，净资产收益率就可以达到配股条件。按照10配3股，12亿总股本，每股配股价4元计算，公司就可以融集14，4亿元的资金。对于多交3300万元的所得税而言，还不到14.4亿元的零头，税务部门也乐于接受，牺牲纳税筹划方案也就是情理之中的事了。第四，不讲究成本效益原则，盲目纳税筹划。如某个大的分公司一年要交各种税款共计24亿元，这时就很有必要好好策划一下；对于一年只交一两千元定额税收的小企业来说，就没有必要进行纳税筹划了，因为筹划成本很可能大于筹划收益。第五，避税的特点是非违法性、有规则性、前期策划性和后期的低风险性，因此在理解税法条款和实施细则的应用上企业与税务部门、总公司很容易产生分歧，加上我国纳税筹划涉及各税法及实施细则、具体会计准则、会计佑嬤、证券法；公司法、借贷法和国际会计准则等，不仅法规内容存在着很多模糊之处，而且财务会计规定和税务法规之间也有一些冲突或摩擦，即使是专业人士有时都难以准确把握，致使纳税筹划方案不能实施或拖延木举。总公司在专业人才、国家政策法规的解读、战略战术把握等方面都具有优势，分公司应经常向总公司汇报请示，取得总公司的把关、指导和支持，有利于纳税筹划目标的实现。
三、税务部门不认可公司纳税筹划方案的风险
节税和税负转嫁一般是合法行为，相对来说后期是无风险的。但是避税依据是“非不应该”和“非不允许”，到底合法不合法需要税务行政执法部门的确认。在确认时，客观上存在着税务行政执法偏差从而产生税收筹划失败的风险。因为我国税法常留有一定的弹性空间，加之税务机关拥有自由裁量权和税务行政执法人员的素质又参差不齐，客观上为税收政策执行偏差提供了可能性。即使是合法的税收筹划行为，结果也可能因税务机关为了完成征税任务，依据税收的强制性、无偿性和固定性，先入为主地认为公司纳税筹划是恶意避税、偷税和漏税，从而导致税收筹划方案未被审核认定就已经被判死刑。
对于分公司而言，如何防范纳税筹划风险至关重要。在实践中可采取以下几种防范对策：不断认真学习国内外服务法律法规，及时了解相关政策变化，做到与时俱进；不断认真学习财务会计知识和专业技能，及时掌握新会计准则、会计制度规范，做到业务精湛；经常与税务部门和总公司沟通汇报，及时摸清税收征收条例的变化趋势和纳税筹划新动向，做到知己知彼；当分公司内外部环境发生变化时，及时调整纳税筹划方案。
