(一)职工债权
职工债权包括：破产企业所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用；欠缴的社会保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。该项债权所涉及的会计科目一般有应付工资、应付福利费、其他应付款等，注册会计师应根据管理人经过调查并公示无异议的职工债权金额确定。其中，“应付工资”科目的余额根据破产企业所欠职工的工资确定，“应付福利费”科目的余额根据所欠职工的医疗；伤残补助、抚恤费用确定，破产企业欠缴的社会保险费用以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金则列作“其他应付款”的相关于目，需特别说明的是，上述欠缴的社会保险费用应划分为两块：一是应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用；二是除第一项以外的社会保险费用。划分的原因是因为这两项费用的受偿顷序不同，第一项费用为第一顺序，第二项费用为第二顺序。因此注册会计师应将这两项费用分别列作“其他应付款”的两个不同子目。
(二)应交税费、其他应付款
注册会计师首先应按照正常审计的程序，采用分析性复核、重新测算、检查凭证、核对纳税申报表等程序对这两个科目进行审计。待税务部门向管理人申报债权时，注册会计师应将审计后的数据与其核对，如有差异，应查明原因，待双方调整一致后最终确定这两个科目的审定数。
(三)长短期借款、应付及预收款项
债权人向管理人申报债权时，注册会计师应将其申报数与账面余额进行核对；如有差异，应查明原因。如申报数大于账面余额，注册会计师应检查债权人申报债权时提供的原始票据中，是否有破产企业财务上未入账的部分，如果存在该情况，应向破产企业原经办人员及相关负责人了解其真实性，并经管理人审核确认后，予以补入账。注册会计师还应检查债权人在申报债权时是否将财务账面所记录的所有已支付的款项全部扣除，在双方调整一致后最终确定每一户的余额；注册会计师应注意，对于银行借款或是其他带息债务，自破产申请受理时起停止计息。注册会计师在对上述负债进行审计时，应查明是否有财产担保，并应获取担保抵押协议、抵押清单，对于需进行抵押登记的查明是否已进行了登记。注册会计师应特别关注在法院受理对该企业的破产申请前一年内，是否存在对没有财产担保的债务提供财产担保，或是对未到期的债务提前清偿的行为；在法院受理对该企业的破产申请前6个月内，是否存在对个别债权人进行清偿的行为，并将已查实的上述行为以书面形式向管理人汇报。对于账面有记载，但债权人在申报期内未向管理人申报的债权，注册会计师可视为债权人已放弃债权，将未申报部分予以冲减，调增净资产。但新破产法规定，“在人民法院确定的债权申报期限内，债权人未申报债权的，可以在破产财产最后分配前补充申报”，因此注册会计师可在审计报告中对因债权人未申报而调减的负债金额予以披露，以引起法院、管理^及其他报告使用者的充分关注。
此外，对破产企业损益类科目的审计与正常审计基本相同，但应特别关注在法院受理破产申请前一年内，是否存在以明显不合理的价格进行交易的行为，并将已查实的上述行为以书面形式向管理人汇报。
