主体功能区建设提出后，我们需要对以往的与区域发展相关联的财政税收政策进行重新疏理，要按照党的十七大精神，围绕主体功能区建设，整合现有政策，重新理清财税政策思路，以科学的政策配合和促进主体功能区建设。
一、税收优惠政策与主体功能区建设
自改革开放以来，税收优惠政策在配合区域发展上发挥了重要作用。比如，在实施东部沿海地区率先发展策略方面，经济特区和经济开发区的税收优惠政策有力地推进了东部地区的发展。为振兴东北老工业基地而实施的增值税转型税收政策，对东北老工业基地吸引投资和企业重组发挥了积极作用。目前增值税转型政策也在中部地区的部分老工业城市开始实施。不可否认，区域性的税收优惠政策在鼓励和促进区域发展方面确实具有明显的引导资源流动的作用。
问题的关键是，应该在多大程度上和在哪些方面来发挥税收优惠政策的作用。如果税收优惠政策过多、过滥，可能会起到阻碍和扭曲市场机制配置资源的基础性作用。税收政策总体上应以坚持中性、公平原则为主，以税收优惠的差别政策为辅，这是必须明确的基本原理。
从2008年1月1日起施行的新企业所得税法，已经将大量的区域性税收优惠政策转变为产业性税收优惠政策，即国家对重点扶持和鼓励发展的产业和项目，给予税收优惠。优惠对象包括国家需要重点扶持的高新技术企业，从事农、林、牧、渔业项目所得，从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营所得，从事符合条件的环境保护、节能节水项目所得，以及符合条件的小型微利企业等。由区域性税收优惠政策为主，转向产业性税收优惠政策为主，这是新企业所得税法的一个突出特点。目前，增值税政策在引导区域间的资源流动上还发挥着一定作用，如果在全国范围内全面实行增值税转型改革，这种作用将消失。
将国土空间分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发的主体功能区后，税收优惠政策应该发挥什么作用，笔者提出以下几点认识：
第一，对现行税收优惠政策进行梳理和有针对性的微调，不宜另外制定新的区域性税收优惠政策。其理由是，新企业所得税法的优惠政策基本可以满足推进主体功能区的建设。优化开发区最需要的宏观政策是推进产业结构升级、提高产业技术水平、增强产业自主创新能力，目前的企业所得税优惠政策可以基本符合这些要求。重点开发区主要分布在中西部和东北一些开发条件较好、发展潜力较大的地区。政策导向应该有利于引导相关产业集聚，形成产业集群，以及引导重大产业项目和基础设施项目在这些地区的合理布局。新企业所得税法对小企业给予税收优惠政策，这有利于促进小企业的成长、产业集群的形成。对于限制开发区来说，政策导向的特点应该是促进这类地区第一产业发展、保护资源环境，新企业所得税法中的优惠政策也涵盖了农、林、牧、渔业项目以及环境保护项目。
第二，各行政区域规划好主体功能区后，应在实施主体功能区产业政策、投资政策、人口政策的基础上，配合实施税收优惠政策，根据主体功能区的特点有区别地引导投资方向和产业发展，而不应该过分突出税收优惠政策的作用，扭曲整个税制体系。
第三，修订现行的西部大开发税收优惠政策，使之转化为与主体功能区战略相协调的税收政策。在实行以产业性税收优惠政策为主的新《企业所得税法》以及主体功能区战略以后，西部大开发的税收优惠政策与上述两者存在一定的矛盾。西部大开发的所得税优惠政策包括所有西部省份地区的所有产业。然而，按照主体功能区划分，西部地区细分为少量的优化开发区、大量的重点开发区、一定数量的限制开发区和禁止开发区。在这种情况下，再应用西部大开发税收优惠政策，显然是不合适的。建议针对西部地区重点开发区中的特定产业，沿用西部大开发税收优惠政策，即将现行的西部大开发税收优惠政策面缩小，只针对重点开发区的特定产业。
第四，全面清理各个税种的税收优惠政策，进行系统性整合。总体上讲，应该以产业性税收优惠政策为主，地区性税收优惠政策为辅，停止和取消相互矛盾或者交叉的税收优惠政策。
二、基本公共服务均等化是完成主体功能区建设的重要保证
实行主体功能区战略，必须调整政府间财政管理体制中的一些现行政策。目前，在政府间的财政关系中，地区之间的公共服务水平差距十分明显，这与地区之间的经济发展水平密切相关。政府间财政管理体制的基本原则之一是，地区之间的经济发展水平与公共服务水平高度正相关。在实行主体功能区战略以后，这样的体制原则需要进行调整。在保持一定程度的激励机制的前提下，需要加强基本公共服务均等化的调节，尤其对于限制开发和禁止开发地区，应该加大中央财政和省级财政的转移支付力度。因为这些地区的经济发展受到保护资源和生态环境的约束，经济发展尤其是工业开发受到限制或者是禁止，财政收入必然难以满足提高公共服务水平的需要，为国家国土和全社会的科学发展付出了成本。
应该在全社会范围内，由高一级政府通过转移支付方式给予补偿，使这些地区的基本公共服务保持与其他地区大致均等的水平。从这个意义上看，基本公共服务均等化是实现主体功能区建设的必要条件。
十六届六中全会提出的基本公共服务均等化目标，是实现科学发展观和建设和谐社会的重要举措。实施基本公共服务均等化的主要职责在中央政府和地方高层级政府。为此，首先需要解决谁来具体组织和落实这项政府职责的问题，其次需要解决如何实现这项政府职责。从实际情况出发，应该设置一个专门的机构，配备一批专门人才，对如何完善中国政府间财政管理体制进行研究和设计，并执行管理职能。这是一项技术性要求十分高，工作量非常大的工作，应该引起政府的高度重视，作为首要问题给予解决。
