该进出口有限责任公司成立于2006年3月，是增值税一般纳税人，主要从事各类玩具的进出口业务，无内销产品。2006年度申报免税销售收入1329.40万元，增值税还原税负率为6.84％，所得税贡献率0.17%。2007年度申报免税销售收入6415.33万元，增值税还原税负率为2.21%，所得税贡献率0.12%。选案人员通过分析发现，该公司所得税贡献率远低于行业平均值。
检查人员首先利用综合征管系统2.0软件、监控决策系统、出口退税申报审核系统对该公司2006年、2007年两年的申报数据进行了全面审核分析，并调取了该公司账簿、资产负债表、损益表、纳税申报表、企业所得税台账、出口退税资料进行仔细甄别，发现由于该企业申报代理人工作失误，错填申报表上的进项税金栏次，导致了企业年末存在大量留抵税金。
检查人员进行财务数据分析后，发现该公司2007年主营业务收入增幅达383%，主营业务利润率增幅59％，营业费用同比增幅58%，管理费用同比不增反降，降幅达37％，所得税贡献率两年均低于南通市该行业所得税平均贡献率0.27％。通过进一步分析其营业费用项目构成、管理费用项目构成，发现该公司营业费用2007年比2006年增幅达664%，高于主营业务收入383%的增长率，其中出现了模具费122.33万元的大额支出。而在公司经营规模迅速扩大的同时，其管理费用却从2006年的64万元降到2007年的58万元。
稽查人员带着疑问对其营业费用和管理费用项目进行了重点检查，并很快查实了该公司2006年利用白条入账及虚列工资等违法事实，解开了管理费用不升反降之迷。而122.33万元的模具费支出有正规的发票入账，有完整的购货合同和付款手续。企业财务人员对模具费用支出增加的解释是，2006年模具费基本上由出口供货企业承担，少部分由公司支付，计入营业费用。而2007年模具费用都是由公司自己承担，在营业费用（模具费）中核算，属正常支出。
一切看似合情合理，但稽查人员并没有被表象迷惑，他们首先查阅了南通市国税局发布的行业评估模型，发现玩具行业主要包括木、铁制造玩具、长毛绒玩具和塑料玩具等，而模具主要用于木、铁制造玩具，一般模具费用占木、铁制玩具收入的比例为2%。随后，稽查人员调查了与该公司经营项目相仿的南通市其他6家从事玩具出口的外贸企业，重点了解了模具在该行业的使用情况，获取了该行业经营项目、经营特点、资金结算方式等第一手资料。据此，稽查人员就外贸行业模具使用核算的一般规律与公司代表进行了交流，指出该模具费支出存在的疑点：一是模具销售方分别为上海和北京的贸易公司，为非生产企业。二是大额货款通过现金支付，不合逻辑。三是模具费占公司木、铁制玩具收入比例的17%，远高于行业平均值2%的指标，有悖常理。面对稽查人员精准的分析和全面专业的行业知识，该公司法定代表人最终承认公司存在虚开模具费发票替代其他费用支出凭证偷逃税款的违法事实。
