为支持企业改组改制的顺利进行，国家在税收上给予了一定的鼓励政策。如，《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释〉（试行稿）的通知》（国税发[1993]149号）规定：以无形资产或不动产投资入股，参与接受投资方利润分配、共同承担投资风险的行为，不征收营业税。但转让该项股权，应按规定征收营业税。对此，从转让投资实物产权的纳税时间规定看，营业税显然延后于增值税。还有，《国家税务总局关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》（国税发[2000]60号）规定，对职工个人以股份形式取得的拥有所有权的企业量化资产，暂缓征收个人所得税；待个人将股份转让时，按“财产转让所得”项目的规定计征个人所得税。但由于从以无形资产、不动产投资入股到转让该投资股权或职工个人从取得量化资产到将股份转让的时间跨度可能较长，甚至有的家族式企业无名义上的转让关系，于是在长期经营过程中，一旦企业资不抵债而解散或破产，这笔量化资产的所属税款也就随之消失，国家相对承担了企业经营不善的税收风险。
《财政部、国家税务总局关于企业改制重组若干契税政策的通知》（财税[2003]184号）规定，对企业合并、分立中按规定承受的土地、房屋权属免征或不征契税。按照《国家税务总局关于转让企业产权不征营业税问题的批复》（国税函[2002]165号）文件规定，“转让企业产权的行为不应征收营业税”,企业合并、兼并、分立过程中发生的土地使用权、不动产所有权的转移行为，不征收营业税。因此，有的企业恶意使用国家支持企业改革的税收政策，采取合合分分等方式，实现资产产权的无税转移。
在实务中，还有的企业常常借改组改制之机虚增成本费用。如有些企业的优良资产被分割、隐匿后，往往虚增账面现有资产的历史价值，或者虚构资产的性能状况，一方面在处置不良资产或非正常损失资产中，通过账务处理和向有关部门报批予以核销，并在税前扣除；另一方面对存量资产遵循历史成本原则计提的折旧或摊销的成本费用，无疑加大了税前扣除额，降低企业利润或应纳税所得额。
实际上，在现行的税收优惠体系中，有很多是针对企业改组改制的优惠，但这些优惠有时往往会被一些企业不正当使用。如有些企业在现行所得税制规定的许多新办企业减免税政策诱惑下，大量内外资企业利用各种手段，不断变换企业名称，以达到长期不纳税的目的。尽管税法对新办企业的条件作出了规定，但对新办企业的定义与公司法的规定不一致，在实际工作中很难界定新办企业的范围，使得对新办企业的认定容易出现纠纷。
