根据以上规定，我们可以知道企业被税务机关作出纳税调整，是要承担一定代价的。而这一代价的多少我们从财务管理的角度计算方式分析如下。
假定某境内外商投资企业2008年利润总额2000万元，因避税2010年6月被主管税务机关特别纳税调整应纳税所得额1000万元，同时假定1年期银行人民币贷款基准利率为10%。
特别纳税调整后，该企业2008年度应纳税所得额应该为3000万元，特别纳税调整的1000万元税款所属年度为2008年，按照新税法及其实施条例的规定，对税务机关作出的纳税调整，如果需要补征税款，应当向企业补征税款，还要按照税款所属纳税年度同期银行贷款基准利率加征5％的利息，并且这部分利息不能税前列支，所以2010年6月除补缴2008年度所得税1000×25%=250万元外，还要按照10%+5%=15%的利率计算加收利息，1年为250×15%×=37.5万元，那么是否避税代价就是这15%利息呢？
从性质上这部分利息等同于税法对于纳税人所欠缴税款的滞纳金，不得在计算应纳税所得额时扣除，这是因为考虑到对税款加收的利息，从性质上来说不同于一般的存贷款利息，是对纳税人违反公平交易原则，占用国家资金的一种经济补偿。因此，不允许税前扣除，这样与银行贷款利率相比，就不仅仅是高出5%的水平，还有税前是否可以扣除的问题，如果将这部分利息还原为税前成本，企业的实际代价为15%÷（1－25%）=20%，较银行基准贷款利率高出10%。
另外新税法及实施条例在对特别纳税调整规定加息的同时，为督促和鼓励纳税人主动配合税务机关开展反避税调查，关联企业要是能够依照企业所得税法及其实施条例的规定，积极主动向税务机关提供有关资料的，也可以只按人民币贷款基准利率计算利息，不用再加5个百分点，即上例只要该企业积极主动提供相关资料，税务机关即可以按照10%的利率加收利息，加收利息25万元，比被动接受调查减少17.5万元，相当于税前利率13.33%，只比银行基准贷款利率高出3.33%。
尽管如此，有纳税人仍然认为避税成本要比征管法中税款滞纳金万分之五相当于年18%的利率的规定要轻得多，且没有加收罚款的法律责任，在企业资金紧张的情况下，假设资金报酬率为20%，不妨采取避税措施能够直接减轻资金压力。在避税与反避税的博弈中，除资金支出外，企业也要投入大量的人力、物力被动接受调查，而且公司被税务机关调查的信息一旦披露，就会直接改变公司整体的对外形象，致使社会公众影响力下降，间接影响公司的股票价格、融资和发展，将是得不偿失的严重后果。
所以，考虑避税成本，减少涉税风险，企业在于关联方之间的业务往来涉及的定价原则、定价方法、可比性、功能风险分析等方面应准备有充分的资料依据，也可以与主管税务机关达成预约定价安排，对于无法确定的事项，还可以预先征求税务机关的意见，尽可能减少特别纳税调整事项，避免因不当的避税加大企业纳税成本，因为企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则，或者企业实施其他不具有合理商业目的安排的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，进行纳税调整，10年的纳税调整另计算加息，足以把一个企业彻底拖垮。
