2006年国家直接对动漫企业提出了一系列扶持措施，重点在原创的动漫企业享受软件业税收优惠，此举促进了我国动漫业的高速发展。《国务院办公厅转发财政部等部门关于推动我国动漫产业发展若干意见的通知》（国办发〔2006〕32号）规定，经国务院有关部门认定的动漫企业自主开发、生产动漫产品，可申请享受国家现行鼓励软件产业发展的有关增值税优惠政策。《财政部、国家税务总局、海关总署关于鼓励软件产业发展有关税收政策问题的通知》（财税[2000]25号）规定，自2000年6月24日起~2010年年底以前，对增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17%的法定税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退。动漫企业还获得了营业税优惠，财税〔2000〕25号文件规定，动漫企业自主开发、生产动漫产品涉及营业税应税劳务的（除广告业、娱乐业外），暂减按3%的税率征收营业税。这就是说，动漫企业提供营业税应税劳务可以享受文化体育业税目3%的低税率，而不是以前的服务业税目的5%税率。
但一哄而上的动漫热使这个正处在起步、模仿和混沌阶段的新兴产业充满浮躁和泡沫。2006年我国动画片产量超过8万分钟，但一半以上是为其他国家“来料加工”的境外产品，真正的国产片仅占1/3左右，在国内外市场有影响力的精品之作更是凤毛麟角。于是，国务院办公厅出台了《关于印发文化体制改革中经营性文化事业单位转制为企业和支持文化企业发展两个规定的通知》（国办发[2008]114号），提出了推动文化体制改革，进一步增强文化企业竞争力，提高我国文化软实力的新要求，与之前的《国务院办公厅关于印发文化体制改革试点中支持文化产业发展和经营性文化事业单位转制为企业的两个规定的通知》（国办发[2003]105号）相比，新文件在注重保持政策连续性的基础上，政策支持力度进一步加大，更加突出了针对性和可操作性。《文化部、财政部、国家税务总局〈动漫企业认定管理办法（试行）〉》（文市发〔2008〕51号）则鼓励动漫企业做大做强做精，提出了对动漫企业、重点动漫产品的更高的认定标准。
近期，财政部、国家税务总局根据国办发〔2008〕114号的精神，修订发布了税收优惠政策，《财政部、海关总署、国家税务总局关于支持文化企业发展若干税收政策问题的通知》（财税〔2009〕31号）。该文件对过去5年行之有效的政策予以保留，并针对改革中的新情况新问题，增加了一些新的政策规定。增加的内容主要有两点：一是继续鼓励和支持文化企业参与国际竞争，推动我国文化产品和服务更多地进入国际市场。该文件第三款规定，出口图书、报纸、期刊、音像制品、电子出版物、电影和电视完成片都可按规定享受增值税出口退税政策。二是扩大了优惠范围。该文件第九款规定，本通知适用于所有文化企业。动漫企业也包括在内。
