根据《企业所得税法》第二十七条的规定，企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税。《企业所得税法实施条例》第八十六条规定，企业所得税法第二十七条第（一）项规定的企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，是指企业从事灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目的所得，可以免征企业所得税。财政部、国家税务总局下发的《关于发布享受企业所得税优惠政策的农产品初加工范围（试行）的通知》（财税〔2008〕149号）中，对享受企业所得税优惠政策的农产品初加工范围进一步予以明确。
其中，对棉花产品的描述是，纤维植物初加工（棉花初加工）是指通过轧花、剥绒等脱绒工序简单加工处理，制成的皮棉、短绒、棉籽；油料植物初加工是指通过对粮食的副产品等，进行清理、热炒、磨坯、榨油（搅油、墩油）、浸出等简单加工处理，制成的植物毛油和饼粕等副产品，而精炼植物油则不属于初加工范围。因此，该油棉加工企业所从事的棉花收购、皮棉、棉籽油加工业务属文件中规定的农产品初加工项目，免征企业所得税；精炼棉籽油深加工业务由于不符合文件的规定，须征收企业所得税。
《企业所得税法实施条例》第一百零二条规定，企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目的，其优惠项目应当单独计算所得，并合理分摊企业的期间费用；没有单独计算的，不得享受企业所得税优惠。根据税法规定，该企业对2008年度的应税项目和免税项目收入、成本进行了分别核算，并对相关期间费用进行了合理的分摊。2008年度该企业会计利润核算情况如下：
皮棉、棉籽油农产品初加工项目：收入10000－成本10200＝－200（万元），精炼棉籽油深加工项目：收入6000－成本5100＝900（万元），会计利润合计700万元。
假设不考虑其他纳税调整因素，应纳所得税额为700×25%＝175（万元）。在免税项目盈利情况下，企业按照税法规定计算应享受的企业所得税优惠，那么，在免税项目亏损的情况下，企业应怎么计算缴纳企业所得税？
方案一
免税项目亏损应实行以免税项目所得弥补亏损的原则，不应以其他项目的所得弥补免税项目的亏损，原因是享受企业所得税优惠的企业，如免税项目亏损用其他项目来弥补，违背免税项目享受优惠原则，在享受国家免税优惠政策的同时，免税项目亏损时又变相享受了一次优惠政策。
因此，在填写所得税年度申报表时，将会计核算的收入16000万元填入附表一（1）第4行（1）销售货物栏，成本费用15300万元填入附表二（1）第3行（1）销售货物成本栏，免税项目亏损200万元以“－200”填入附表五第22行“7、灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目”栏，并据此计算出2008年度该企业应纳企业所得税为900×25%＝225（万元），申报表比会计核算多出应纳企业所得税225－175＝50（万元）。
出于这一观点，该企业认为，在农产品初加工业务所得税免税优惠项目亏损的情况下，享受免税政策反而要多缴税，因此，该企业决定放弃享受2008年皮棉、棉籽油农产品初加工项目企业所得税优惠。
方案二
《企业所得税法》第二十七条是对从事农、林、牧、渔业项目取得的所得免征企业所得税，该企业2008年度皮棉、棉籽油农产品初加工免税项目由于市场因素不但没有取得所得，反而亏损200万元，此时的亏损不是所得，不应确认所得－200万元，附表五第22行免税项目所得不应填入－200万元，应填写0，应纳企业所得税应为700×25%＝175（万元）。
分析
方案一错误地理解征免税收入政策，企业所得税以企业在一定时期内获得的所得为征税对象，所谓所得，是指纳税人从事生产经营活动所获得的收入扣除为取得收入而付出的成本费用后的余额。《企业所得税法》第五条规定，企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额；《企业所得税法实施条例》第十条规定，亏损是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。
国家税务总局《关于印发〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表〉的通知》（国税发〔2008〕101号）中，年度纳税申报表主表及其填报说明也对负数的填报方法作了明确：“第25行应纳税所得额”，金额等于本表第23行－24行，本行不得为负数，本表第23行或者依上述顺序计算结果为负数，本行金额填零。从上述法规对所得、亏损的规定可以得知，余额大于零为所得，反之则为亏损。因此，方案二正确。该油棉加工企业2008年度由于皮棉、棉籽油农产品初加工免税项目亏损，没有取得所得，所以，免税项目的所得应确认为0。另外，由于该农产品初加工项目减免税期限超过一个纳税年度，为了保持企业享受减免税优惠的延续性，该企业无须放弃享受2008年度皮棉、棉籽油农产品初加工项目企业所得税的免税优惠，也不会多缴税。
链接
《〈企业所得税法实施条例〉释义及适用指南》一书中，解释了为何要对企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目进行分别核算的原因。该文介绍说，为了保证企业所得税优惠政策真正落实到国家鼓励发展、需要税收扶持的项目，本条（即《企业所得税法实施条例》第一百零二条）规定对优惠项目应单独进行核算。单独进行核算，是指对该优惠项目有关的收入、成本、费用应单独核算，向税务机关提供单独的生产、财务核算资料，并计算相应的应纳税额，而对于不享受企业所得税优惠的项目，则另行计算其应纳税所得额。如果企业没有单独核算的，很难区分哪些收入和支出属于优惠项目，为了防止企业滥用税收优惠规定，在此规定不得享受企业所得税优惠
