根据《财政部关于企业收到政府拨给的搬迁补偿款有关财务处理问题的通知》（财企〔2005〕123号）的规定，搬迁企业取得的政策性搬迁收入（属于搬迁补偿款范畴）时应记入“专项应付款———搬迁补偿”，参考2006年版《企业会计准则应用指南———会计科目———专项应付款》的相关规定，搬迁企业重置固定资产时，其支付的价款不需要核销“专项应付款”科目。
企业在5年期内完成规划搬迁的，按以下原则处理：
1.“专项应付款——搬迁补偿”科目如果为借方余额，则在完成规划搬迁年度，结转到“管理费用”科目。
2.“专项应付款——搬迁补偿”科目如果为贷方余额，则作借“专项应付款——搬迁补偿”科目，贷“资本公积”科目。
这样，税务处理与会计处理会存在差异，需要进行纳税调整。在税务处理上，如果“专项应付款——搬迁补偿”有贷方余额，将上述余额与重置相类似的固定资产和土地价值比较，前者若大于后者，则其差额应计入应纳税所得额，在所得税申报表“其他纳税调增项目”反映。反之，若等于或小于后者则不作纳税调整。
拆迁补偿款的其他税的涉税处理
1.营业税及其附加税的处理规定
对于企业收到的拆迁补偿款是否要缴纳营业税，目前国家税务总局的文件没有明确规定，可以参考《广东省地方税务局关于旧城拆迁改造有关营业税问题的批复》（粤地税函〔1999〕295号）规定：为了支持城市改造建设，经请示国家税务总局同意，凡经县级以上政府批准，国土局及有关房地产管理部门发出公告，限期拆（搬）迁的地（路）段的，被拆迁户取得的拆迁补偿收入（包括货币、货物或其他经济利益）暂不征收营业税。《福建省地方税务局关于拆迁补偿业务征收营业税问题的通知》(闽地税发〔2004〕63号）规定：被拆迁单位和个人因拆迁取得的房屋（或土地）拆迁补偿费及其他补助费或补偿安置的房屋，除下列两种情况外，均应征收营业税：(1)被拆迁单位和个人取得政府财政部门支付的房屋(或土地)拆迁补偿费及其他补助费，暂免征收营业税。(2)被拆迁个人因自用普通住房拆迁，所取得的补偿费或拆迁过程中发生的房屋等面积产权调换，暂免征收营业税。
结合上述文件，可知搬迁企业取得政府财政部门支付的拆迁补偿费及其他补助费，免收营业税。搬迁企业通过市场（招标、拍卖、挂牌等形式）取得的土地转让收入，按“转让无形资产”征收营业税。
2.土地增值税的处理规定根据《土地增值税暂行条例》、《土地增值税暂行条例实施细则》和《土地增值税宣传提纲》的相关规定，因国家建设需要依法征用、收回的房地产，免征土地增值税；因城市市政规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让原房地产而取得的收入，免征土地增值税。因此，企业取得政策性搬迁收入免予征收土地增值税。根据《土地增值税暂行条例实施细则》第十一条规定，符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关审核后，免予征收土地增值税。但是此类情况下的免征应以原房地产所在地税务机关的批文为准。如果尚未收到批文，则应视同房地产出售或转让，计算土地增值税。
3.印花税的处理规定根据《印花税暂行条例》、《印花税暂行条例施行细则》和《关于印花税若干政策的通知》（财税〔2006〕162号）的相关规定：对土地使用权出让合同、土地使用权转让合同、商品房销售合同按产权转移书据征收印花税。因此，搬迁企业取得政策性搬迁收入中属于土地使用权转让收入部分需按规定缴纳印花税。
