专家认为，纳税人产生这些疑问的原因在于没有认识到的作用。由客观公正的中介出具鉴证报告，一方面有利于维护纳税人权利，减少税务，另一方面有利于法规的正确实施，提高税务机关的审批效率，是现代依法行政的发展方向。纳税人必须认识到审计和鉴证是有很大的区别的，两者是不可替代的。
一、两种报告出具目的不同。汇算清缴是纳税人在纳税年度终了后4个月内依据税收法律、法规、规章及其他有关的规定，计算全年应纳税所得额和应纳所得税额，根据月度或季度清缴所得税的数额，确定该年度应补或者应额，并填写年度企业所得税表，向主管税务机关办理年度企业所得税纳税申报，提供税务机关要求提供的有关资料，结清全年企业所得税税款的行为，鉴证报告是对企业根据税法要求调整账务这一过程的反映。对企业报表的审计是指注册师依法接受委托，按照独立的要求，对被审计单位的会计报表实施必要的审计，获取充分、适当的，并对会计报表发表审计意见。由此可见，汇算清缴鉴证是为了配合企业汇算清缴申报如实纳税，而审计是站在角度发表意见。
二、法律依据不同。注册税务师从事企业所得税汇算清缴代理依据的是国家税收法律、法规、规章及其他有关企业所得税规定，确保国家税收足额征收。而注册会计师受托从事会计报表审计依据的是国家法律、法规、规章，从角度，对企业确认、计量、记录，分配归集其业务活动所产生的的合法性、公允性及一贯性进行报告。
三、承办两种业务的是两种不同的中介主体。《》规定，注册税务师可承办企业所得税汇算清缴纳税申报的鉴证业务；《注册会计师法》规定，注册会计师承办审查企业会计报表，出具业务。因此，注册税务师和注册会计师有不同的分工，有独立的“业务地盘”，不能交叉，有各自的准入制度。企业所得税汇算清缴中介主体只能是税务师事务所，而企业会计报表审计的中介主体只能是。
四、出具两种报告的要求不同。汇算清缴要依据税法有关规定对企业、、、往来、、税金、、减免条件等进行全面审核，所有涉税事宜不得遗漏，最终确定出应纳税所得额及计算出应纳所得税额（或亏损额）。而审计报告则要求独立审计的目的是对被审计单位会计报表的合法性、公允性及会计处理方法的一贯性发表审计意见；注册会计师在进行符合性测试和时，一般应采用抽样审计的方法。其实际操作是依据会计法规及的要求进行检查、监盘、、查询及、计算、分析性复核等方法，来获取充分、适当的审计证据，结合注册会计师的执业风险判断、评价审计结论，形成审计意见，从而出具不同类型的审计报告。
五、出具报告不实承担责任不同。《》规定，税务师事务所及注册税务师应当对其出具的鉴证报告及其执业行业承担法律责任。情节严重的撤销执业备案或者收回执业证，并提请工商行政管理部门吊销税务师事务所执照，省局注册税务师管理中心应当将处罚结果向国家税务总局注税管理中心备案并向社会公告。而《注册会计师法》规定由省级以上人民政府门给予警告，没收违法所得，可以并处违法所得1倍以上5倍以下的罚款；情节严重的，并可以由省级以上人民政府财政部门暂停其经营业务或者予以撤销。所得税汇算清缴鉴证失误责任与会计报表审计责任，除在处罚依据、罚款倍数、执行处罚部门不同外，会计报表审计失误还可能被没收非法所得并承担赔偿责任。
企业所得税汇算清缴鉴证与企业报表审计有不同点，主要表现为所处的角度不同，责任不同，代表不同的利益主体，鉴证报告依据有关国家税收政策出具，有为国家税收利益把关的积极意义，而审计报告主要为投资者以及其他权益各方提供有参考价值的分析。
专家认为，通过国家认可的有一定资质的专业机构和专业人士的涉税鉴证，具备了可供税务机关采信的基本和先决条件，是税务机关据以审批审核的合法依据，并具有一定的法律效力，不仅仅是参考类证据，而是属于可以采信类的证据。通过涉税鉴证，税务机关在鉴证的基础上进行审批，提高了税务机关的审批效率，也可使审批流程进一步简化，从而便利了纳税人尽快拿到批件。涉税鉴证在一定程度上起着税务审核的补充作用，也可以减少税务行政行为实施的风险，杜绝行政执法过程中的腐败行为，有利于税收法规的正确实施。
