业务控制创新
在经济业务发生时，通过计算机的控制程序对业务发生的合理性、合法性和完整性进行检查和控制。
如表示业务发生的有关代码字符等是否有效，操作口令是否准确，经济业务是否超出了合理的数量、价格等的变动范围等，企业还应建立有效的控制制度以确保计算机的控制程序能正常运行。
档案保管创新
由于会计信息化系统具有开放性的特点，尤其是在网络状态下，信息系统很容易受到计算机病毒的侵害和“黑客”的攻击，对信息系统造成严重的安全隐患。
为确保会计信息系统的安全，需要加强信息系统的日常维护工作和信息档案的保管工作。要做好系统信息（数据）的储存保管工作，需要做好系统信息（数据）的日备份、周备份和月备份工作，并严格按照会计信息档案保管制度实行磁性介质和纸质档案同期、异地、多备份保管，确保会计信息系统产生的会计信息档案的完整与安全。
随着信息化的普及内部控制的新课题将不断出现，对其深入研究必将形成新的理论和方法。《企业内部控制基本规范》将于2009年7月1日起先在上市公司范围内施行，这是我国继实施与国际接轨的企业会计准则和审计准则之后，在会计审计领域推出的又一与国际接轨的重大改革。
新基本规范构建了以内部环境为重要基础、以风险评估为重要环节、以控制活动为重要手段、以信息与沟通为重要条件、以内部监督为重要保证，相互联系、相互促进的五要素内部控制框架。新理论和方法的确立将使管理信息化在新的基础上获得进一步的完善和发展，也会使信息环境下的内部控制不断地调整和改善，真正做到财务数据的可靠性和真实性，提高企业的经济效益。
