一、物流业涉及的营业税税目税率
（一）交通运输业，税率3%。征收范围包括：陆路运输、水路运输、航空运输、管道运输、装卸搬运。凡与运营业务有关的各项劳务活动。均属本税目的征税范围。
（二）邮电通信业，税率3%。本税目的征收范围包括：邮政、电信。单位和个人从事快递业务按“邮电通信业”税目征收营业税。
（三）服务业，税率5%。本税目的征收范围包括：代理业、旅店业、饮食业、旅游业、仓储业、租赁业、广告业、其他服务业。
（四）转让无形资产，税率5%。本税目的征收范围包括：转让土地使用权、转让商标权、转让专利权、转让非专利技术、转让著作权、转让商誉。
（五）销售不动产，税率5%。本税目的征收范围包括：销售建筑物或构筑物、销售其他土地附着物。
二、从事联运业务、代理业务和仓储业务按差额纳税
《国家税务总局关于新版公路、内河货物运输业统一发票有关使用问题的通知》（国税发〔2007〕101号）规定，公路、内河联合货物运输业务，是指其一项货物运输业务由两个或两个以上的运输单位（或个人）共同完成的货物运输业务。运输单位（或个人）应以收取的全部价款向付款人开具货运发票，合作运输单位（或个人）以向运输单位（或个人）收取的全部价款向该运输单位（或个人）开具货运发票，运输单位（或个人）应以合作运输单位（或个人）向其开具的货运发票作为差额缴纳营业税的扣除凭证。
物流行业的代理业，主要有航空包机业务、无船承运业务和报关代理以及其他代理。国税发〔2000〕139号规定，对航空运输企业从事包机业务向包机公司收取的包机费，按“交通运输业”税目征收营业税；对包机公司向旅客或货主收取的运营收入，应按“服务业———代理业”项目征收营业税，其营业额为向旅客或货主收取的全部价款和价外费用减除支付给航空运输企业的包机费后的余额。
国税函〔2006〕1312号规定，无船承运业务应按照“服务业——代理业”税目征收营业税。纳税人从事无船承运业务，以其向委托人收取的全部价款和价外费用扣除其支付的海运费以及报关、港杂、装卸费用后的余额为计税营业额申报缴纳营业税。纳税人从事无船承运业务，应按照其从事无船承运业务取得的全部价款和价外费用向委托人开具发票，同时应凭其取得的开具给本纳税人的发票或其他合法有效凭证作为差额缴纳营业税的扣除凭证。
对试点物流企业开展物流业务营业税征税问题，国税发〔2005〕208号规定，试点企业将承揽的运输业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他运输企业的运费后的余额为营业额计算征收营业税。试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。文件对营业额减除项目凭证管理问题提出了要求：营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或经税务机关认可的合法有效凭证；支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证，或外方公司的签收单据、出具的公证证明。
《国家税务总局关于加强代理报关业务营业税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2006〕1310号）规定，纳税人从事代理报关业务，以其向委托人收取的全部价款和价外费用扣除以下项目金额后的余额为计税营业额申报缴纳营业税：1.支付给海关的税金、签证费、滞报费、滞纳金、查验费、打单费、电子报关平台费、仓储费；2.支付给检验检疫单位的三检费、熏蒸费、消毒费、电子保险平台费；3.支付给预录入单位的预录费；4.国家税务总局规定的其他费用。
对于从事其他物流代理业务的，可以按照《国家税务总局关于营业税若干问题的通知》（国税发〔1995〕076号）执行，该文规定“代理业的营业额为纳税人从事代理业务向委托方实际收取的报酬”。
三、远洋运输企业业务不同适用不同税率
针对远洋运输企业不同的业务，营业税政策规定了不同的适用税率。国税发〔2002〕25号规定，对远洋运输企业从事程租、期租业务和航空运输企业从事湿租业务取得的收入，按“交通运输业”税目征收营业税。
文件规定，对远洋运输企业从事光租业务和航空运输企业从事干租业务取得的收入，按“服务业———租赁业”项目征收营业税。
四、自开票纳税人与代开票纳税人征税不同
对从事货物运输业务的单位和个人，根据开具货物运输业发票的不同分为自开票纳税人和代开票纳税人。自开票纳税人除了可以自己领购发票并自行按照规定开具发票外，自开票纳税人的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。除自开票纳税人外，其他的为代开票纳税人，其从事货物运输业务需要开具发票的，必须由税务机关或经税务机关批准的机构代开，同时代征税款。代开票纳税人从事联运业务取得的收入，应就全部收入纳税，不得减除分出合作方运费计税。
五、物流单位收取的承包费需要纳税
目前，不少小单位和个人挂靠在一些规模较大的物流单位从事经营活动，或者承租承包物流单位的运输工具或其他资产从事物流业务活动，物流单位在加强管理的同时需要收取部分管理费用。对管理费用征收营业税问题，财税〔2003〕16号作了明确规定：双方签订承包、租赁合同（协议，下同），将企业或企业部分资产出包、租赁，出包、出租者向承包、承租方收取的承包费、租赁费（承租费，下同）按“服务业”税目征收营业税。出包方收取的承包费凡同时符合以下三个条件的，属于企业内部分配行为不征收营业税：1.承包方以出包方名义对外经营，由出包方承担相关的法律责任；2.承包方的经营收支全部纳入出包方的财务会计核算；3.以出包方的利润为基础。
