1.新申报表采用的是以间接法为基础的表样设计。所得税年度申报表主表是以企业会计核算为基础，以税法规定为标准进行纳税间接调整，从而确定应纳税所得额。而不是按照原来的直接按税法规定计算填报收入和成本费用，在此基础上再进行纳税调整。因此，主表前13行“利润总额计算”的数字基本都是取自企业会计账簿和会计报表资料。
2.新申报表附表数量有所减少。与原1个主表、14个附表的年度申报表相比，新申报表只有1个主表、11个附表，取消了原申报表中的《捐赠支出明细表》、《技术开发费加计扣除额明细表》、《工资薪金和工会经费等三项经费明细表》和《坏账损失明细表》（《呆账准备计提明细表》、《保险准备金提转差纳税调整表》），增加了《以公允价值计量资产纳税调整表》、《资产减值准备项目调整明细表》，将《纳税调整增加项目明细表》和《纳税调整减少项目明细表》合并为《纳税调整项目明细表》；同时在收入和成本明细表中增加了事业单位、社会团体、民办非企业单位的收入和支出明细表；《免税所得及减免税明细表》改为《税收优惠明细表》；《广告费支出明细表》改为《广告费和业务宣传费跨年度纳税调整明细表》；《投资所得（损失）明细表》改为《长期股权投资所得（损失）明细表》，短期投资不在其中填报；《税前弥补亏损明细表》改为《企业所得税弥补亏损明细表》；《境外所得税抵扣计算明细表》改为《境外所得税抵免计算明细表》；《资产折旧、摊销明细表》改为《资产折旧、摊销纳税调整明细表》。保留的附表有《收入明细表》、《成本费用明细表》。
3.新申报表要求境外所得应弥补境内亏损。在主表计算“纳税调整后所得”之前有一栏“加：境外应税所得弥补境内亏损”。其填表说明中规定，依据《境外所得计征企业所得税暂行管理办法》的规定，纳税人在计算缴纳企业所得税时，其境外营业机构的盈利可以弥补境内营业机构的亏损。即当“利润总额”，加“纳税调整增加额”减“纳税调整减少额”为负数时，该行填报企业境外应税所得用于弥补境内亏损的部分，最大不得超过企业当年的全部境外应税所得；为正数时，如以前年度无亏损额，本行填零。如以前年度有亏损额，取应弥补以前年度亏损额的最大值，最大不得超过企业当年的全部境外应税所得。而原企业所得税相关法规规定，企业境外业务之间的盈亏可以互相弥补，但企业境内外之间的盈亏不得相互弥补。
新申报表还对境外所得的间接抵免明确了计算方法，一是采用二次还原的办法计算境外税前所得：境外所得换算含税收入的所得＝适用所在国家地区所得税税率的境外所得÷（1－适用所在国家地区所得税税率）＋适用所在国家预提所得税率的境外所得÷（1－适用所在国家预提所得税率）；二是二级子公司已纳税款可以间接抵免：二级子公司可抵免税额＝（纳税人分得的所得÷同一纳税年度子公司税后应分配总额）×（子公司分得的所得÷同一纳税年度二级子公司税后应分配总额）×二级子公司同一纳税年度已缴所得税。
4.新申报表将一些税收优惠项目直接列入纳税调减项目。原申报表根据税收政策，将免税所得列入纳税调整后所得弥补亏损后减除，将减免所得税额列入计算企业应纳所得税额后减除。也就是说，如果企业弥补亏损后没有所得额的话，将不再计算减除，不能扩大年度亏损额。新申报表根据《企业所得税法》规定，将不征税收入、免税收入、减计收入、减免税项目所得、加计扣除和抵扣应纳税所得额直接计入纳税调减项目，在“纳税调整后所得”之前扣除，这样无论企业是否有利润和所得，这些项目都可以在当年作为税前扣除，直接减少所得额或扩大当年度亏损。
5.股权投资损失用投资转让所得弥补。税法规定，纳税人因收回、转让或清算处置股权投资发生的股权投资损失，可以在税前扣除，但在每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得，超过部分可按规定向以后年度结转扣除。但是对于投资损失如何扣除一直存在不同的看法，有的认为投资损失要在投资收益和投资转让所得中扣除，而这样的话，免税的投资收益就会由于弥补投资损失而实际得不到免税，投资损失实际也没有在税前扣除；有的则认为，投资损失应该在应税所得中扣除，只要扣除数额不超过当年实现的投资收益和投资转让所得即可，这样免税投资收益才能真正的享受免税。新申报表对此仍然不甚明了，虽然规定免税收入可以作为纳税调减项目，但如果税务机关要求损失在免税投资收益中扣除的话，损失部分仍可以作为纳税调增处理。在“投资损失补充资料填报说明”反映投资转让损失历年弥补情况的“本年度弥补金额”时说明：本年投资所得（损失）合计数为正数时，可按顺序弥补以前年度投资损失。这就说明弥补以前年度的投资损失是用应税所得弥补，而不是用当年实现的免税投资收益弥补。
6.适应新会计准则，新申报表新增了《以公允价值计量资产纳税调整表》和《资产减值准备项目调整明细表》。新会计准则制定的具体准则中，规定了一些以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产、金融负债以及投资性房地产，同时制定了资产减值的具体准则，这些资产的会计基础与计税基础之间会产生差异。因此，新申报表新增了这两个附表。财政部、国家税务总局《关于执行〈企业会计准则〉有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2007〕80号）第三条规定，企业以公允价值计量的金融资产、金融负债以及投资性房地产等，持有期间公允价值的变动不计入应纳税所得额，在实际处置或结算时，处置取得的价款扣除其历史成本后的差额应计入处置或结算期间的应纳税所得额。新所得税法同时规定，不符合国务院财政、税务主管部门规定的各项资产减值准备、风险准备等准备金支出，不能在税前扣除。
7.新申报表主表新增了分支机构预缴所得税情况。按照国家税务总局《关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格的营业机构、场所（以下称分支机构）的，该居民企业为汇总纳税企业，分支机构则必须按规定在所在地预缴所得税。因此，总机构年度所得税汇算清缴时，就必须将分支机构预缴税款视为已预缴税款予以减除。新申报表反映了这一预缴情况，而原申报表没有这项内容。
除上述变化外，新申报表还考虑了企业执行不同的会计制度的填报问题，在附表中根据新准则内容增加许多项目，表中用*号提示执行新准则的企业填报，用#号提示执行原会计制度的企业填报。
