现行《高等学校会计制度》中规定借入款项是指单位从财政部门、上级单位、金融机构和其他单位借人有偿使用的各项款项。许多高校的资金来源中，借入款项占了相当大的比重。
（一）借入款项的借入和归还事业单位借入款项的账务处理应为：借记“银行存款”，贷记“借入款项——某单位”；待该笔负债清还时再做减少负债的处理；经批准借款转拨款的，借记“借入款项”，贷记“科研经费拨款”、“上级补助收入”等。在政府收支分类改革以前，支付借款利息在“其他费用”中反映；在归还借款本金时将往来帐中的“借入款”科目减少。在政府收支分类改革以后，虽然有专门的“债务利息支出”和“债务还本支出”两个科目，但也只有支付借款利息在“债务利息支出”科目中反映。在年初预算中都安排了一部份资金用于还本付息，这一部分资金财政按专项下达的，要求必须专款专用，但在支出科目中根本没有体现，在预算中安排的还本资金就只能弥补当年其他的事业支出，如果当年有结余，可以把暂付款中暂列的支出调整一部分出来，以保证年终决算中收入与支出的平衡。
高校收支科目中只核算了财政补助收入和单位事业收入所对应的收支款项，而同样作为高校资金来源的借入款项和其所对应的支出情况并未在当年的会计报表中反映出来，这就造成了会计核算的失真，同时也造成了每年收入和支出的不相匹配。笔者认为，对于“借入款项”的核算，应当视款项的性质区别处理：首先对于短期借款，比如在一年内归还的借款，应该在“借入款项”中反映，因为该借款在年终时需要用事业收入来归还，不会对当年的收支产生影响；其次对于长期借款，笔者建议将其记入“其他收入”中，而其所对应发生的支出项目也直接在相关支出科目中进行核算，在归还长期借款的时候直接在“债务还本支出”科目中反映，以全面反映财务收支情况，方便学院的财务管理和财务分析。
（二）借入款对固定资产的影响绝大多数高校的借人款项属于专项借款，少部分为流动资金贷款，而大多数借入款项都是用于设备物资的购置和固定资产的构造。按照事业单位的有关财物会计制度规定，年度终了必须保持财物收支的平衡，但是外部借入的款项不能计入高校当年的收入，入账时只能在往来账中反映，所以当借入款项被用于购置固定资产时，高校直接在“事业支出”科目中反映。而笔者认为，在支出款项发生时直接在其他应收款中进行核算，其会计分录应为：借记“其他应收款——借款支出”，贷记“银行存款”；年终时，如果学校有收入来归还借款时，则借记“事业支出”，贷记“其他应收款——借款支出”。
在以上的处理方法下，只有学校有足够的收入来归还借款，才能真实的反映出当年的收入和支出情况；如果学校没能归还借款，用于固定资产购置的支出就只能一直在往来款项中反映，而固定资产的帐面余额就不能与购置费等支出科目中的帐面余额相对应，也会出现固定资产的维持、维护费用的发生，而在支出科目中根本找不到对应的固定资产购置业务。在当年实际发生的支出项目而不能在当年的决算报表和支出科目中体现出来，导致了会计帐表实用性的降低。
（三）借入款对会计报表的影响在决算报表中，虽然借入款项的余额在资产负债表中有所反映，但是决算报表中所反映出来的支出数已经是调整以后的数据，并不是当年实际的支出数。因为在年终决算时，不允许负基金的出现，所以如果收不抵支就必须把借入款在事业支出中的反映调整到“其他应收款”中去，这就减少了当年的实际支出；而在有事业结余的情况下，学校一般都会将原来年度调整到“其他应收款”中的支出调整一部份出来，以实现当年收支的基本平衡，这也就虚增了当年的支出。
笔者认为，高校将需要归还的借款用于购置资产时，应在支出事项发生时全部计人事业支出，对于出现的负基金，年底编制财物决算报表时，另设一补充报表，补充说明借入款项收支的详细情况；另一种做法就是将借入款项转入“其他收入”中进行核算，支出事项发生时也全部计人事业支出，使年终时收入与支出相匹配。
二、借入款项的管理
据中国社会科学院发布的《2006年：中国社会形势分析与预测》显示，截至2005年，我国公办高校向银行贷款总额达1500亿~2000亿元，几乎所有的高校都有贷款。加强对借入款项的管理势在必行。
（一）建立健全监督管理体系政府和教育主管部门应加大对高校借入款项的事前、事中和事后管理工作。首先在借入款项前期严格执行可行性研究和层层审批制度，确保在源头上规范高校的借款行为，确保高校贷款的可行性和安全性；其次还应该在借入款项的使用过程中加大监督管理工作，确保做到专款专用，避免借入款项被挪作他用；再次就是要加强后期还款的促进作用，积极督促高校按合同、按计划归还款项，建立良好的信用体制。
（二）加大对借入款项管理的重视力度教育部门对借入款项进行整体风险评估，避免出现一任校长贷款、几任校长都还不清的局面，适度控制借入款项的规模，使借入款项为学校发展服务。学校应当建立、健全还贷机制，将贷款管理纳入预算管理体制。在安排年度收支预算时，要结合本校的偿债能力，将还贷资金纳入年度收支预算，促使学校科学、有效的使用借款，促进学校进入良性发展循环。还有就是有条件的学校可以建立还贷基金，每年从结余的资金中拿出一部分放在基金中，避免还款高峰的到来对学校财物造成的风险。
