首先，资金来源无保障，基建会计无法核算。实行国库集中收付前，财政部门根据批准的建设项目预算和工程进度，将项目的建设资金拨付到基建账户，经批准筹集的建设资金也按照项目预算和工程进度结转到基建账户。实行国库集中收付后，行政事业单位的基本账户改为经批准开设的零余额账户，财政部门要求所有收支通过零余额账户办理，财政基建拨款通过零余额账户直接支付到施工单位或材料供应商，不再拨付至单位的基建账户。单位经批准自行筹集的建设资金也要求先存入预算外财政专户，通过零余额账户直接支付到施工单位或材料供应商，不得自行结转到基建账户。因而单位基建账户实际上没有资金来源，也很少发生支出业务，已不具备单独核算的条件。
其次，单位预算不完整，与部门预算编制要求不相适应。部门预算的核心是解决过去长期存在的单位预算内、预算外资金不一致的问题，实行一个部门（单位）一本预算，部门（单位）的各种财政性资金全部在一本预算中编制，所有收支项目须在预算中完整地反映出来。而现行的做法是单位的部门预算中一般不编制基建项目，而由主管部门统一编制。单位零余额账户发生基建收支业务后，决算中又必须反映，从而导致预算、决算不对应。
再次，单位会计信息不完整，会计报表反映的经济事项不充分。现行财务、会计制度将单位会计主体人为地划分为两种：一种是行政经费（事业经费）会计核算，另一种是基本建设会计核算，从而导致单位的行政经费（事业经费）和基建经费不能在一个会计主体内同时反映。两套账的相互分离，都不能完整地反映单位的经济活动全貌，这不符合《会计法》第l条“会计资料真实、完整”的规定，也不符合《行政单位会计制度》第11条“会计核算应当以行政单位自身发生的各项经济业务为对象，记录和反映行政单位自身的各项经济活动”、《事业单位会计准则》第4J4条“会计报表包括资产负债表、收入支出表、基建投资表、附表及会计报表附注和收支情况说明书等”的规定。
最后，单位资产管理存在困难，会计监督作用难以发挥。由于单位行政经费（事业经费）与基本建设经费分别单独核算，在基建项目竣工决算前，行政经费（事业经费）账户并不反映基建有关收支，单位账面资产小于实际资产，单位财务也不太关注基建收支情况，从而使单位资产管理存在漏洞。而且，由于单位基建项目规模不大、建设时间不长，基建财务制度不太健全，加之基建财务人员以临时聘用人员居多，会计监督作用往往难以真正有效发挥。
二、国库集中收付下行政事业单位基建会计核算的建议
第一，资产类账户。增设“在建工程”一级会计科目，该科目核算单位基本建设实际发生但尚未完工项目的支出。行政事业单位可以参照《国有建设单位会计制度》有关科目，根据需要增设或修改二级明细科目，如“建筑安装工程投资”、“设备投资”、“待摊投资”、“其他投资”等。工程完工后，由“在建工程”转入“基本建设支出”，并根据竣工决算等会计资料及时办理固定资产入账手续，同时分别等额记入“固定资产”、“固定基金”账户。该科目年末余额表示尚未完工的投入。
第二，负债类账户。在现有的“暂存款”或“应付账款”、“其他应付款”科目中增加核算内容，将单位的预付工程款和收取的施工单位的保证金、质保金、借款等债务并入上述科目核算。单位预付的工程款符合支出确认条件时，及时转作“基本建设支出”。借款利息根据实际情况，分别记入“在建工程”或当期费用。
第三，净资产类账户。在“结余”科目下增设“基建结余”二级科目，该科目核算已完工项目的资金余额。一般情况下，实行国库集中收付制度后，由于财政性资金“以支定收”，未用完的额度转为下年度收支来源，该科目年末应无余额。以银行存款方式留存的非财政性资金节余，年末记入该科目贷方。若工程已完工，该科目的贷方余额行政单位则应记入“结余”的贷方，事业单位记入“专用基金——修购基金”或“事业基金——般基金”的贷方。
第四，收入类账户。在“拨入经费”（“拨人专款”）科目下增设“拨人基建款”二级科目，该科目核算单位收到的财政性基建专款。年末该科目余额表示尚未完151程对应的拨人基建款，已完工项目则转入“基建结余”借方。
第五，支出类账户。将“结转自筹基建”改为“基本建设支出”科目，该科目核算年度内完工的基建项目的全部支出。科目贷方为“在建工程”科目中已完工项目的贷方。
在实际中，单位可根据需要，在上述科目下按照基建项目、施工单位等增设三级科目，分别进行明细核算。年终时，根据现行财务、会计制度的有关规定进行结转。这样，单位收支既适应了财政国库管理制度改革的要求，又满足了国家财经法律法规和统一的会计制度对单位会计资料的要求，同时也有利于单位加强经费收支和资产管理。
