为了加强审计工作的独立性，保证函证的可靠性，应做到确保询证函上的名称、地址、金额与函证账户的有关资料一致；函证资料寄出之前，应妥善保管；要求被询证者将回函直接寄给审计小组，如果被询证者以传真、电子邮件等方式回函：审计人员除了直接接收外，还应要求被询证者寄回询证函原件；询证函寄出要由审计人员亲自办理；对于因无法投递而退回的信函，要进行分析、研究、处理，查明是由于被函证者地址迁移、差错而致信函无法投递，还是这笔应收账款本来就是一笔假账。
步骤二、合理确定函证范围和对象
审计人员应考虑成本效益原则，对函证的范围和对象应根据职业判断做出选择。在确定函证范围时应考虑的因素主要包括：（1）应收账款在全部资产中的重要性；（2）被审单位内部控制的强弱；（3）以前期间函证的结果。
步骤三、恰当选择函证时间
为了充分发挥函证的作用，应恰当选择函证的发送时间。审计人员通常以资产负债表日为截止日，充分考虑对方复函时间，在期后适当时间内实施函证，尽可能做到在注册会计师的审计工作结束前取得函证的全部资料。如果固有风险和控制风险评估为低水平，审计人员也可选择资产负债表日前适当日期为截止日实施函证，并对所函证项目自该截止日起至资产负债表日止发生的变动实施实质性测试程序。
步骤四、科学选择函证方式
函证方式分肯定式函证和否定式函证两种。肯定式函证，又称正面式、积极式函证，就是向债务人发出询证函，要求他证实所函证的欠款是否正确，无论对错都要求复函。一般来说，相关的内部控制无效时，固有风险和控制风险评估为高水平；预计差错率较高；个别账户的欠款金额较大；有理由相信欠款存在争议、差错等情况应选择肯定式函证方式。否定式函证，又称反面式、消极式函证。它也是向债务人发出询证函，但所函证的款项相符时不必回函，只有在所函证的款项不符时才要求债务人向审计人员复函。
步骤五、进行函证结果差异分析
收到的询证函若有差异，审计人员应对此进行分析，寻找差异的原因，并应与债务人直接联系，作进一步核实，必要时应要求被审单位作适当调整。产生差异的原因可能是由于购销双方登记入账的时间不同，或是某方记账错误，或有弄虚作假、舞弊行为。因人账时间不同产生的差异主要表现为：第一，询证函发出时，债务人已经付款，而被审计单位尚未收到货款；第二，询证函发出时，被审计单位的货物已经发出并已作销售记录，但货物仍在途中，债务人尚未收到货物；第三，债务人由于某种原因将货物退回，而被审计单位尚未收到；第四，债务人对收到的货物的数量、质量及价格等有异议而全部或部分拒付货款。
步骤六、严格的替代性审计程序
当函证程序不能获得证实应收账款状况的信息时，可以采用替代测试程序：（1）查阅合同。以合同上的发货时间或交易确立的时间为依据，验证应收账款记账时间、金额及其他内容。如果有合同但未履行，应由销售人员作出合理解释；对无合同但记应收账款的情况，应考察购货方资信材料，了解未签合同的原因。（2）查阅发货凭证。提货单是对方已收货物的一种证明；购货方按合同以提货单将产成品运出销货方，则销售成立。检查人员可以把提货单作为验证应收账款可靠性的重要依据。（3）查阅发票。发票是证明销售业务成立的重要凭证，只有销售交易完成时，才开出发票。查阅发票也可间接证明应收账款的起因，有助于判断应收账款的真伪。（4）查阅同期银行存款日记账，注意有无已结算的账项未转账的问题以及同期银行对账单记收入，但企业却错记应收账款的问题。
